Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,781,876 | G→A | G161D (GGC→GAC) | ydiS → | putative oxidoreductase with FAD/NAD(P)‑binding domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,781,876 | 0 | G | A | 96.2% | 82.9 / ‑4.0 | 26 | G161D (GGC→GAC) | ydiS | putative oxidoreductase with FAD/NAD(P)‑binding domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (8/17); total (9/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
ACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTA > NC_000913/1781810‑1781950 | aCAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGc < 2:322044/81‑1 (MQ=255) aaGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCtt < 2:322045/81‑1 (MQ=255) gTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGc < 1:322046/81‑1 (MQ=255) cTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCcgct > 2:322084/1‑81 (MQ=255) cTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCcgct < 1:322047/81‑1 (MQ=255) ggCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCcgctcg > 2:322081/1‑81 (MQ=255) cGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCcgctcgct < 2:322048/81‑1 (MQ=255) gTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTg > 1:322091/1‑81 (MQ=255) gCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTgg > 2:322088/1‑80 (MQ=255) tGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGt > 2:322094/1‑81 (MQ=255) gatgatATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTccc < 1:322049/81‑1 (MQ=255) tgatATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGc < 2:322050/81‑1 (MQ=255) tatTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTc < 2:322051/81‑1 (MQ=255) gAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGAt < 2:322053/78‑1 (MQ=255) gAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATcc < 1:322052/80‑1 (MQ=255) gAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCg > 2:322089/1‑81 (MQ=255) gAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCg > 2:322095/1‑81 (MQ=255) gCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGcat < 2:322054/81‑1 (MQ=255) gAATGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCTGcatca < 2:322055/81‑1 (MQ=255) aaTGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGcatcat < 2:322056/81‑1 (MQ=255) aaTGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGcatcat > 2:322096/1‑81 (MQ=255) aTGTGGTGATTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCAtt < 1:322057/81‑1 (MQ=255) aTTCTGGCTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCGGtt > 2:322090/1‑81 (MQ=255) cTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTa < 1:322060/81‑1 (MQ=255) cTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTa < 1:322059/81‑1 (MQ=255) cTGATGACGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTa < 1:322058/81‑1 (MQ=255) | ACAAGGTCACTGGCGTGCAGGCTGGGGATGATATTCTCGAAGCGAATGTGGTGATTCTGGCTGATGGCGTTAACTCGATGCTTGGCCGCTCGCTGGGAATGGTTCCCGCTTCCGATCCGCATCATTACGCTGTTGGTGTTA > NC_000913/1781810‑1781950 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |