| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,583,237 | T→A | pseudogene (200/390 nt) | yrhA → | putative uncharacterized protein YrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,583,237 | 0 | T | A | 100.0% | 54.2 / NA | 16 | pseudogene (200/390 nt) | yrhA | putative uncharacterized protein YrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (9/7); total (9/7) | |||||||||||
ACTAATTGCCTGGAGAAGTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAAC > NC_000913/3583164‑3583313 | aCTAATTGCCTGGAGAAGTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGc > 1:691311/1‑80 (MQ=255) aTTGCCTGGAGAAGTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAat < 1:691289/79‑1 (MQ=255) ccTGGAGAAGTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAatggatg > 1:691308/1‑80 (MQ=255) aTGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTaa > 1:691317/1‑81 (MQ=255) aTGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTaa > 2:691309/1‑81 (MQ=255) aGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGatt < 2:691290/80‑1 (MQ=255) aaGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAGGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCtctc < 2:691291/80‑1 (MQ=255) aGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCg < 2:691292/80‑1 (MQ=255) aaCCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTc > 2:691314/1‑78 (MQ=255) aaCCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTc > 1:691315/1‑78 (MQ=255) aaCCTGATTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTc > 1:691316/1‑78 (MQ=255) aTTATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCt < 2:691293/80‑1 (MQ=255) ttATCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTc < 1:691294/81‑1 (MQ=255) tCTTACTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGt > 2:691323/1‑81 (MQ=255) aCTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaa < 2:691295/80‑1 (MQ=255) aCTTTTTAAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaa > 1:691322/1‑80 (MQ=255) tttttaAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTaaaaa > 1:691313/1‑81 (MQ=255) tttaAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAAc < 2:691296/80‑1 (MQ=255) | ACTAATTGCCTGGAGAAGTTATGTAATGAAGTTAGTATTCTTTTTAAGAATCAACCTGATTATCTTACTTTTTTAAGAGCAATGGATGGATTCGAAGTTAATGGATTACGATTATTTAGCCTCTCGATTCCAGAACCTTCAGTTAAAAAC > NC_000913/3583164‑3583313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |