| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 453,644 | G→T | A175D (GCT→GAT) | yajG ← | putative lipoprotein YajG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 453,644 | 0 | G | T | 96.4% | 93.2 / ‑6.0 | 28 | A175D (GCT→GAT) | yajG | putative lipoprotein YajG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (11/16); minor base C (1/0); total (12/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGGGCCAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCAGCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGCACCTTCAACGTT > NC_000913/453569‑453720 | aCCGGGCCAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATg < 1:101643/81‑1 (MQ=255) ccGGGCCAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATgg > 2:101683/1‑81 (MQ=255) cGGGCCAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGt < 2:101644/81‑1 (MQ=255) ccAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCg < 2:101645/81‑1 (MQ=255) cAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCgg > 1:101697/1‑81 (MQ=255) agGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGt > 1:101693/1‑79 (MQ=255) ggCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAg > 2:101690/1‑80 (MQ=255) aaCGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTa < 1:101646/80‑1 (MQ=255) cgcgcgTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAAcc < 2:101647/81‑1 (MQ=255) cgcgTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCACCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCg > 2:101691/1‑80 (MQ=255) ttCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCg > 2:101692/1‑81 (MQ=255) ttCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCg < 1:101648/81‑1 (MQ=255) gCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGa > 2:101699/1‑81 (MQ=255) cTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGc < 1:101649/78‑1 (MQ=255) tgaATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATAtttt < 2:101650/81‑1 (MQ=255) gTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTttgttg > 2:101698/1‑79 (MQ=255) gTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTttgttg > 2:101675/1‑79 (MQ=255) tGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAg > 2:101700/1‑81 (MQ=255) gATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGc < 2:101651/81‑1 (MQ=255) gATGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGc > 1:101711/1‑81 (MQ=255) tGCTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCt < 2:101652/81‑1 (MQ=255) cTGGTGTCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTgg < 2:101653/81‑1 (MQ=255) tgtCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACg > 2:101704/1‑81 (MQ=255) tCCTGAGACATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGc < 1:101654/80‑1 (MQ=255) agaCATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGCACCTTc < 1:101655/81‑1 (MQ=255) cATATCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGCACCTTCAAc < 2:101656/81‑1 (MQ=255) tatCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGCACCTTCAACGt < 1:101657/81‑1 (MQ=255) tCATCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGCACCTTCAACGtt < 2:101658/80‑1 (MQ=255) | ACCGGGCCAGAGGGCAGAAATTAACGCGCGTTCTGCTTGATGAATTCGTGGATGCTGGTGTCCTGAGACATATCAGCGATGGTATCGGTCAGCACACTGTTAACCGCATCGGCGATATTTTTGTTGGAGGCCTGGAACGCACCTTCAACGTT > NC_000913/453569‑453720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |