Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,797,159 | (A)6→5 | coding (212/1260 nt) | waaL → | O‑antigen ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,797,154 | 0 | A | . | 100.0% | 31.1 / NA | 8 | coding (207/1260 nt) | waaL | O‑antigen ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (5/3); total (5/3) |
AAAATATATAATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATATAAAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAG > NC_000913/3797080‑3797227 | aaaaTATATAATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATATaaaaac < 1:686115/80‑2 (MQ=255) taataTCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTAttct < 1:686116/80‑1 (MQ=255) aCTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCttt > 2:686123/1‑81 (MQ=255) taGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATAtt > 2:686132/1‑81 (MQ=255) cACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGgcttgct > 1:686127/1‑81 (MQ=255) cTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGcttgcttg < 2:686117/81‑1 (MQ=255) aaaaTTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGtt > 2:686124/1‑81 (MQ=255) aaaaTTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGtt > 2:686126/1‑81 (MQ=255) aaTTATAATAT‑AAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTa < 1:686118/81‑1 (MQ=255) aatat‑aaAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAg > 2:686125/1‑78 (MQ=255) | AAAATATATAATATCACTGCTATAGTTTGCTTATTGTCACTAATTTTACGTGGCAGACAAGAAAATTATAATATAAAAAACCTTATTCTTCCCCTTTCTATATTTTTAATAGGCTTGCTTGATTTAATTTGGTATTCTGCGTTTAAAG > NC_000913/3797080‑3797227 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |