Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,313,118 | C→T | intergenic (‑127/‑232) | alsR ← / → rpiB | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR/allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,313,118 | 0 | C | T | 100.0% | 52.8 / NA | 16 | intergenic (‑127/‑232) | alsR/rpiB | DNA‑binding transcriptional repressor AlsR/allose‑6‑phosphate isomerase/ribose‑5‑phosphate isomerase B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (9/7); total (9/7) |
ACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTT > NC_000913/4313043‑4313194 | aCAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTaaa < 1:811834/81‑1 (MQ=255) tCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGt > 2:811854/1‑81 (MQ=255) tCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGAGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATGAGt > 1:811848/1‑81 (MQ=255) acaAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGtt < 1:811835/80‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTaaa < 2:811836/81‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTaa > 2:811849/1‑80 (MQ=255) ataaaatTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACat > 2:811853/1‑81 (MQ=255) taAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTAttt > 2:811852/1‑81 (MQ=255) tttattttatTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGtttt < 1:811837/81‑1 (MQ=255) tttattttatTGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGtttt > 2:811862/1‑81 (MQ=255) tttattGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTgg > 2:811850/1‑81 (MQ=255) tattGTGAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGtt > 2:811857/1‑81 (MQ=255) gtgAACAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGttttt < 2:811838/80‑1 (MQ=255) cAATGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatg < 1:811839/81‑1 (MQ=255) aaTGGCGAGTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAgatga > 2:811855/1‑81 (MQ=255) gTGGTTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGtt < 1:811840/81‑1 (MQ=255) | ACAGAAAAGATGCTGGCGACTTCACAAAAAAATAAAATTTATAAAGTTTATTTTATTGTGAACAATGGCGAGTGGCTTAAAATTTTATTTCATTTAATTAGTTTAAAAACATGATGTTATTTGTTTTTCTGGTTTTTTAGATGATAGATGTT > NC_000913/4313043‑4313194 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |