| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,220,329 | (A)6→5 | pseudogene (729/2648 nt) | ycgH → | putative transporter component, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,220,324 | 0 | A | . | 100.0% | 52.3 / NA | 13 | pseudogene (724/2648 nt) | ycgH | putative transporter component, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (6/7); total (6/7) | |||||||||||
GCCGTGCTGATTTAAAAATGAATGGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGGAAAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTATGCAGTTGCTATTC > NC_000913/1220247‑1220396 | gCCGTGCTGATTTAAAAATGAATGGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGGaaaa < 2:240076/81‑1 (MQ=255) atgaatgGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAg < 2:240077/81‑1 (MQ=255) aatgGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGAt < 2:240078/80‑1 (MQ=255) aatgGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTACTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGAt > 1:240096/1‑80 (MQ=255) ggtggtTCCATAACAACTAATGGGATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTAtg > 2:240093/1‑81 (MQ=255) ggtggtTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTAtg > 1:240089/1‑81 (MQ=255) tggtTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTAtgtg < 1:240079/81‑1 (MQ=255) gtTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTgg > 2:240092/1‑80 (MQ=255) cATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACt < 1:240080/80‑1 (MQ=255) acaacTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGaa < 1:240081/80‑1 (MQ=255) aTGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTgg < 2:240082/80‑1 (MQ=255) aaTAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGa < 2:240083/80‑1 (MQ=255) gCTATGGTGCTTATGCTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTa > 1:240090/1‑81 (MQ=255) cTAATGGG‑AAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTATGCAGTTGCTATTc > 2:240095/1‑80 (MQ=255) | GCCGTGCTGATTTAAAAATGAATGGTGGTTCCATAACAACTAATGGCATTAATAGCTATGGTGCTTATGCTAATGGGAAAAAAGCATATATTAATTTAGATTATGTGGCACTTGAAACTGTGGCTGATGGAAGTTATGCAGTTGCTATTC > NC_000913/1220247‑1220396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |