| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,836,095 | Δ1 bp | intergenic (‑166/‑127) | yicJ ← / → selC | putative xyloside transporter YicJ/tRNA‑Sec |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,836,092 | 0 | T | . | 97.0% | 132.7 / ‑2.0 | 33 | intergenic (‑163/‑130) | yicJ/selC | putative xyloside transporter YicJ/tRNA‑Sec |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (18/14); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
TGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAG > NC_000913/3836014‑3836167 | tGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGtt > 1:743531/1‑80 (MQ=255) gTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGttta > 1:743539/1‑79 (MQ=255) tattaATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGtttatat > 2:743517/1‑77 (MQ=255) tattaATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGtttatat > 1:743510/1‑77 (MQ=255) ttaATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATg > 1:743529/1‑80 (MQ=255) ttaATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATg > 2:743523/1‑80 (MQ=255) ttaATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGa < 2:743481/81‑1 (MQ=255) ttATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACta > 1:743513/1‑80 (MQ=255) tGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAAt > 2:743515/1‑81 (MQ=255) gATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATg > 2:743530/1‑81 (MQ=255) cTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCtt < 2:743482/80‑1 (MQ=255) gTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTc < 1:743483/79‑1 (MQ=255) ttATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGa > 2:743532/1‑80 (MQ=255) tATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGat < 2:743484/80‑1 (MQ=255) tgtgATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGataa > 2:743527/1‑80 (MQ=255) gtgATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGataata > 2:743533/1‑81 (MQ=255) tgATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATAc < 1:743485/81‑1 (MQ=255) gATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACg > 1:743512/1‑81 (MQ=255) gTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTg < 2:743486/80‑1 (MQ=255) gTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGc < 1:743487/81‑1 (MQ=255) tAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCgtgt < 2:743488/81‑1 (MQ=255) tAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCgtgt < 1:743489/81‑1 (MQ=255) gCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTa < 1:743490/80‑1 (MQ=255) cGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTAt > 1:743525/1‑80 (MQ=255) ttAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAg < 1:743491/81‑1 (MQ=255) aaTTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAgg < 2:743492/80‑1 (MQ=255) aaTTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGc > 1:743544/1‑81 (MQ=255) ccGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCgg < 2:743493/80‑1 (MQ=255) cGCTCATGTATCATTGTAGAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaa < 1:743494/81‑1 (MQ=255) cTCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaa > 2:743520/1‑80 (MQ=255) tCATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGaaaaaa > 2:743545/1‑81 (MQ=255) cATATATCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAAc > 2:743543/1‑81 (MQ=255) atCATTGTAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATc > 2:743524/1‑81 (MQ=255) tAAAATATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGa > 1:743528/1‑81 (MQ=255) aaaaTATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGAt > 2:743572/1‑81 (MQ=255) aaTATGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGt < 2:743495/81‑1 (MQ=255) atGGG‑TTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAg > 2:743538/1‑80 (MQ=255) | TGGTTATTAATTTATGATTCTTGTTTTATGTGATCGTGGTAGCGTTAATTCCGCTCATATATCATTGTAAAATATGGGTTTTATATGAACTATAATGCTTTCGTGATAATACGCTGCGTGTATTAGGCGGAAAAAACTGATCTGGGGGATGTAG > NC_000913/3836014‑3836167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |