Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	913,852	Δ1 bp	intergenic (‑38/+106)	hcp ← / ← lysO	protein S‑nitrosylase/L‑lysine exporter

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	913,850	0	T	.	100.0%	96.6 / NA	23	intergenic (‑36/+108)	hcp/lysO	protein S‑nitrosylase/L‑lysine exporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base . (14/9);  total (14/9)

ACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAA  >  NC_000913/913782‑913924                                                                     |                                                                           aCGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGAc                                                               >  2:189231/1‑81 (MQ=255)  cGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGAc                                                               <  2:189210/80‑1 (MQ=255)      tAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCtt                                                           >  2:189236/1‑80 (MQ=255)               cacaTTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCgggg                                                  <  2:189211/80‑1 (MQ=255)                   ttGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATaa                                              >  1:189229/1‑80 (MQ=255)                        cacaAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGa                                        <  1:189212/81‑1 (MQ=255)                          caAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGAtt                                      <  2:189213/81‑1 (MQ=255)                                    tCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCaa                            >  1:189233/1‑81 (MQ=255)                                     cacaCCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAAc                           >  2:189244/1‑81 (MQ=255)                                      acacCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAAc                           <  2:189214/80‑1 (MQ=255)                                       cacCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACtt                         >  2:189230/1‑81 (MQ=255)                                          cTTTTAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACttt                        >  2:189232/1‑79 (MQ=255)                                              tAAAGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAgg                    >  1:189239/1‑79 (MQ=255)                                               aaaGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAgg                    >  2:189241/1‑78 (MQ=255)                                                aaGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAgg                    >  2:189250/1‑77 (MQ=255)                                                aaGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAgg                    >  2:189238/1‑77 (MQ=255)                                                aaGTTATATTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGgag                 <  2:189215/80‑1 (MQ=255)                                                     atatTTAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAgattga            <  1:189216/80‑1 (MQ=255)                                                        tttAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAgattgatt          >  1:189234/1‑79 (MQ=255)                                                          tAATATACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAgc      >  2:189243/1‑81 (MQ=255)                                                            atatACATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAgcg     <  1:189217/80‑1 (MQ=255)                                                              ataCATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCaa  >  1:189247/1‑81 (MQ=255)                                                               taCATG‑TTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCaa  <  1:189218/80‑1 (MQ=255)                                                                     |                                                                           ACGGATAGTTTGTTCACATTGCACACAAAACATGATCACACCTTTTAAAGTTATATTTAATATACATGTTTAAGGTTAAGACGCTTAACGCGGGGATAAAAGGGATTTTTCATGCAACTTTAAGGGAGATTGATTTAGCGCAA  >  NC_000913/913782‑913924

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑