| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,903,784 | 0 | G | T | 23.3% | 63.2 / 15.8 | 30 | A235S (GCA→TCA) | manY | mannose‑specific PTS enzyme IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/14); new base T (3/4); total (12/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCTTCTACCTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGCTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAGCTGGTAACAACGATCTC > NC_000913/1903707‑1903864 | tcttctACCTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAg > 1:335604/1‑81 (MQ=255) tACCTCGGCTTCGTAACCGCAGTATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGttc > 2:335594/1‑81 (MQ=255) tACCTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGttc > 1:335595/1‑81 (MQ=255) aCCTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGGAGTGttc > 1:335610/1‑80 (MQ=255) ccTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTgtt < 2:335562/78‑3 (MQ=255) ccTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGttct < 2:335561/80‑1 (MQ=255) ccTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGttc < 1:335560/79‑1 (MQ=255) ggCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACAt < 2:335563/80‑1 (MQ=255) cGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACATCCAACt > 2:335601/1‑81 (MQ=255) gTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACATCCAACtt < 2:335564/81‑1 (MQ=255) cagcaTTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCg > 2:335597/1‑80 (MQ=255) agcaTTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGa > 2:335613/1‑80 (MQ=255) cACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACa < 1:335565/80‑1 (MQ=255) aCCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACaa < 1:335567/80‑1 (MQ=255) aCCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAAc < 1:335566/81‑1 (MQ=255) ccAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAAcc > 2:335596/1‑81 (MQ=255) aaCCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGTCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGc < 2:335568/80‑1 (MQ=255) gTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTgc < 2:335569/80‑1 (MQ=255) gTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTgc < 1:335570/80‑1 (MQ=255) gCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCt > 1:335599/1‑81 (MQ=255) gCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCt > 2:335615/1‑81 (MQ=255) ctGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCt > 1:335600/1‑81 (MQ=255) ggTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCt < 2:335572/78‑1 (MQ=255) ggTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCt < 2:335571/78‑1 (MQ=255) ggTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAg > 2:335607/1‑81 (MQ=255) tgATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAg < 2:335574/81‑1 (MQ=255) tgATTGGTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAg < 1:335573/81‑1 (MQ=255) gTACTGTTATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAGCTGGt < 1:335575/80‑1 (MQ=255) ttATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCGTGCTCAGGCAGCTGGTaacaac < 2:335577/80‑1 (MQ=255) ttATGGCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAGCTGGTAACAACg < 2:335576/81‑1 (MQ=255) gCAGTGTTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAGCTGGTAACAACGAtctc < 1:335578/81‑1 (MQ=255) | TCTTCTACCTCGGCTTCGTAACCGCAGCATTCACCAACTTTAACCTGGTTGCTCTGGGTGTGATTGGTACTGTTATGGCAGTGCTCTACATCCAACTTAGCCCGAAATACAACCGCGTAGCCGGTGCGCCTGCTCAGGCAGCTGGTAACAACGATCTC > NC_000913/1903707‑1903864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |