| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,526,256 | T→C | intergenic (‑107/‑213) | nudE ← / → igaA | ADP‑sugar diphosphatase NudE/inner membrane protein ‑ inhibits the Rcs signaling pathway |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,526,256 | 0 | T | C | 100.0% | 80.8 / NA | 23 | intergenic (‑107/‑213) | nudE/igaA | ADP‑sugar diphosphatase NudE/inner membrane protein ‑ inhibits the Rcs signaling pathway |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (11/12); total (11/12) | |||||||||||
TTGTGCGATATCGGACACGCTTTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGTCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTCAGAGGGTTTGC > NC_000913/3526181‑3526332 | ttGTGCGATATCGGACACGCTTTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCtc < 1:667974/80‑1 (MQ=255)ttGTGCGATATCGGACACGCTTTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCtc < 2:667973/80‑1 (MQ=255) cGATATCGGACACGCTTTCGGCAATGTGAAATGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCtcaaatc < 2:667975/80‑1 (MQ=255) cGGACACGCTTTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTa > 2:668004/1‑80 (MQ=255) ggACACGCTTTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTaa > 2:668007/1‑80 (MQ=255) tttCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCaa > 1:668018/1‑79 (MQ=255) ttCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAg > 2:668001/1‑81 (MQ=255) gCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTg < 1:667978/81‑1 (MQ=255) gCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTg < 2:667977/81‑1 (MQ=255) gCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTg < 2:667976/81‑1 (MQ=255) gAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAAc > 1:668003/1‑81 (MQ=255) ttGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTc > 1:668014/1‑80 (MQ=255) gCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCa < 2:667979/80‑1 (MQ=255) cATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAgg < 2:667980/81‑1 (MQ=255) tttACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTg < 1:667981/80‑1 (MQ=255) tACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCt < 1:667982/80‑1 (MQ=255) aCATTTATGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGa > 2:668008/1‑81 (MQ=255) aTGTAACTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTcc > 2:668019/1‑81 (MQ=255) cTTAATAAATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTc < 1:667983/81‑1 (MQ=255) taataaATAATCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCtt > 2:668012/1‑78 (MQ=255) aataatCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTCAGAggg < 2:667984/80‑1 (MQ=255) aatCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTCAGAGGGTTTg > 1:668033/1‑81 (MQ=255) atCGCCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTCAGAGGGTTTGc > 1:668010/1‑81 (MQ=255) | TTGTGCGATATCGGACACGCTTTCGGCAATGTGAATTGCATGTTATTTACATTTATGTAACTTAATAAATAATCGTCCTCAAATCAAATTAAAAGTCAATAGGTTGAAATAACTCCAGGAATTTGCTGATATTCCGCCTTCAGAGGGTTTGC > NC_000913/3526181‑3526332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |