Predicted mutation
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RA	NC_000913	3,980,128	T→C	V58A (GTC→GCC)	rffM →	UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid transferase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,980,128	0	T	C	100.0%	159.0 / NA	45	V58A (GTC→GCC)	rffM	UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid transferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (24/21);  total (24/21)

ACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGTCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTAAAAAGTAC  >  NC_000913/3980053‑3980204                                                                            |                                                                             aCGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAgg                                                                          <  2:780867/80‑1 (MQ=255) aCGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAgg                                                                          >  1:780925/1‑80 (MQ=255) aCGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAg                                                                           <  1:780868/79‑1 (MQ=255)  cGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAgg                                                                          >  2:780923/1‑79 (MQ=255)  cGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGa                                                                        <  2:780869/81‑1 (MQ=255)    ggCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGt                                                                      <  2:780870/81‑1 (MQ=255)     gCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGtt                                                                     <  1:780871/81‑1 (MQ=255)     gCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGt                                                                      >  1:780932/1‑80 (MQ=255)        gCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGttaat                                                                  >  2:780917/1‑81 (MQ=255)        gCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGttaat                                                                  <  2:780872/81‑1 (MQ=255)         cTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGttaatt                                                                 <  1:780873/81‑1 (MQ=255)         cTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGttaat                                                                  >  2:780906/1‑80 (MQ=255)              gCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGc                                                            >  2:780935/1‑81 (MQ=255)                  ggAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGcc                                                        >  1:780920/1‑81 (MQ=255)                     aCGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGaa                                                     <  2:780874/81‑1 (MQ=255)                       gCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAAtt                                                   >  1:780940/1‑81 (MQ=255)                        cTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAAttt                                                  <  2:780875/81‑1 (MQ=255)                            ttGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAat                                              <  1:780876/81‑1 (MQ=255)                              gCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAata                                             <  2:780877/80‑1 (MQ=255)                               ccATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATg                                           >  1:780951/1‑81 (MQ=255)                               ccATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGATGCCGAATTTAAATATg                                           <  1:780878/81‑1 (MQ=255)                                 aTTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCg                                         >  2:780947/1‑81 (MQ=255)                                 aTTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCg                                         >  2:780915/1‑81 (MQ=255)                                 aTTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCg                                         <  1:780879/81‑1 (MQ=255)                                   tAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGa                                       >  1:780921/1‑81 (MQ=255)                                   tAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGa                                       >  1:780918/1‑81 (MQ=255)                                    aaTGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGa                                       <  1:780880/80‑1 (MQ=255)                                     aTGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGAt                                      <  1:780881/80‑1 (MQ=255)                                       gCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAACTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATgg                                    >  2:780943/1‑80 (MQ=255)                                        cTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCa                                  >  1:780926/1‑81 (MQ=255)                                             aaaaTGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGc                             >  1:780928/1‑81 (MQ=255)                                              aaaTGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCg                            >  2:780914/1‑81 (MQ=255)                                               aaTGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGt                           >  1:780931/1‑81 (MQ=255)                                                          ttGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTc                  <  2:780884/79‑1 (MQ=255)                                                          ttGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCa                 <  1:780885/80‑1 (MQ=255)                                                          ttGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCa                 <  1:780882/80‑1 (MQ=255)                                                          ttGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAg                <  1:780883/81‑1 (MQ=255)                                                           tGAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAg                >  2:780938/1‑80 (MQ=255)                                                            gAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGt               <  2:780886/80‑1 (MQ=255)                                                            gAAGATAACGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTa              >  1:780933/1‑81 (MQ=255)                                                                  aaCGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTaa         >  1:780937/1‑80 (MQ=255)                                                                   aCGCCGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTaaaa       <  1:780887/81‑1 (MQ=255)                                                                      ccGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGTATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTaaaagta    >  2:780960/1‑78 (MQ=255)                                                                       cGAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTAAAAAGTa   >  1:780929/1‑81 (MQ=255)                                                                        gAGGCCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTAAAAAGTAc  >  2:780939/1‑81 (MQ=255)                                                                            |                                                                             ACGGGCAGCTTAAGCAGGGAACGCTGGTTGCCATTAATGCTGAAAAAATGCTGACTATTGAAGATAACGCCGAGGTCAGGGAGTTAATTAACGCTGCCGAATTTAAATATGCGGATGGCATCAGCGTTGTACGTTCAGTACGTAAAAAGTAC  >  NC_000913/3980053‑3980204

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑