Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,113,514	+A	intergenic (‑37/+29)	yghG ← / ← pppA	lipoprotein YghG/prepilin peptidase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,113,510	1	.	A	100.0%	57.9 / NA	17	intergenic (‑33/+33)	yghG/pppA	lipoprotein YghG/prepilin peptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base A (13/4);  total (13/4)

ATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTT‑AAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATAAAGTGTTGCTATACCGCC  >  NC_000913/3113435‑3113581                                                                             |                                                                        aTAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTCTTAATAAGAGTT‑aaaaa                                                                    >  2:581777/1‑80 (MQ=255)    gCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTT‑aaaaatgt                                                                 <  1:581755/81‑5 (MQ=255)     cGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTT‑aaaaatgt                                                                 >  1:581765/1‑76 (MQ=255)                    ccctGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACg                                                  >  1:581775/1‑81 (MQ=255)                     cctGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGt                                                 >  1:581784/1‑81 (MQ=255)                        ggCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGt                                              >  1:581774/1‑81 (MQ=255)                        ggCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGt                                              >  2:581778/1‑81 (MQ=255)                        ggCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGt                                              >  2:581770/1‑81 (MQ=255)                               gTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCAt                                        >  1:581771/1‑80 (MQ=255)                                  ttATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTaa                                     <  1:581756/80‑1 (MQ=255)                                   tATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTaaa                                    <  2:581757/80‑1 (MQ=255)                                     tCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAAc                                  >  1:581787/1‑80 (MQ=255)                                        aCATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAGGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATg                              <  2:581758/81‑1 (MQ=255)                                              tAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTa                        <  2:581759/81‑1 (MQ=255)                                               aaaTAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTg                          >  2:581789/1‑78 (MQ=255)                                                   aatCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATa                    >  1:581780/1‑80 (MQ=255)                                                            ggTTATTAATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATAAAGTGTTGc           >  1:581779/1‑80 (MQ=255)                                                                attaATAAGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATAAAGTGTTGCTATAc      >  1:581782/1‑81 (MQ=255)                                                                   aataaGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATAAAGTGTTGCTATACCGc   >  2:581800/1‑81 (MQ=255)                                                                      aaGAGTTAAAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATAAAGTGTTGCTATACCGcc  >  2:581785/1‑79 (MQ=255)                                                                             |                                                                        ATAGCGATATTAATACCCTCCCTGGCATTTGTTTTATCGACATGGTAAATAATCTCTAAGGTTATTAATAAGAGTT‑AAAATGTCACTTTGATAATGACGTGGTTATCATTAAAACAATGCCTGTAGATAAAGTGTTGCTATACCGCC  >  NC_000913/3113435‑3113581

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑