Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 960,227 | A→G | intergenic (+132/‑37) | aroA → / → ycaL | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase/periplasmic protease YcaL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 960,227 | 0 | A | G | 100.0% | 42.7 / NA | 13 | intergenic (+132/‑37) | aroA/ycaL | 3‑phosphoshikimate 1‑carboxyvinyltransferase/periplasmic protease YcaL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (7/6); total (7/6) |
GGCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACATAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACCTCT > NC_000913/960154‑960302 | ggCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAatat < 2:177539/80‑1 (MQ=255) ggCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATAtt > 1:177558/1‑81 (MQ=255) ggCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATAtt > 1:177559/1‑81 (MQ=255) ggACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTaa < 1:177540/81‑1 (MQ=255) aGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGgatg < 1:177541/81‑1 (MQ=255) aTTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTc < 1:177542/81‑1 (MQ=255) aTTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTc < 2:177543/81‑1 (MQ=255) ggTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATa > 1:177567/1‑81 (MQ=255) tCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAAt > 1:177564/1‑80 (MQ=255) tAAGTTGTTGATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGAt < 2:177544/80‑1 (MQ=255) ttgttgATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGa > 2:177563/1‑81 (MQ=255) tgttgATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGAc > 2:177593/1‑81 (MQ=255) gATACGTAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACctct > 1:177569/1‑81 (MQ=255) | GGCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACATAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACCTCT > NC_000913/960154‑960302 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |