| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,066,740 | A→G | G194G (GGT→GGC) | insH‑6 ← | CP4‑44 prophage; IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,066,740 | 0 | A | G | 94.7% | 50.8 / ‑3.7 | 19 | G194G (GGT→GGC) | insH‑6 | CP4‑44 prophage; IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (9/9); total (9/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATC > NC_000913/2066664‑2066805 | tACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCaa > 1:351387/1‑81 (MQ=255) aCCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAAt > 2:351393/1‑81 (MQ=255) aCCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAAt > 1:351382/1‑81 (MQ=255) aTTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGcc < 1:351353/79‑1 (MQ=255) aTTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCtt < 2:351354/81‑1 (MQ=255) gAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCa < 1:351355/80‑1 (MQ=255) aTGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCaa < 2:351356/80‑1 (MQ=255) aTGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCa > 1:351402/1‑79 (MQ=255) cTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTg > 2:351381/1‑81 (MQ=255) gCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTg < 2:351357/80‑1 (MQ=255) ccGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGAt < 1:351358/81‑1 (MQ=255) ggtggtGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGcc > 1:351406/1‑81 (MQ=255) tgACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCt < 1:351359/81‑1 (MQ=38) aCTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTg > 1:351398/1‑81 (MQ=255) ggCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCt < 2:351360/81‑1 (MQ=18) gCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCt > 1:351404/1‑80 (MQ=21) tCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtct < 2:351361/81‑1 (MQ=18) gCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATc < 1:351362/81‑1 (MQ=14) gCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATc > 2:351397/1‑81 (MQ=14) | TACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATC > NC_000913/2066664‑2066805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |