Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 2,590,292 A→G M900V (ATG→GTG)  acrD → multidrug efflux pump RND permease AcrD

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009132,590,2920AG100.0% 145.0 / NA 41M900V (ATG→GTG) acrDmultidrug efflux pump RND permease AcrD
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (19/22);  total (19/22)

CTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTC  >  NC_000913/2590214‑2590369
                                                                              |                                                                             
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg                                                                             <  1:442536/81‑1 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg                                                                             >  1:442574/1‑81 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg                                                                             >  1:442604/1‑81 (MQ=255)
cTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCAGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTg                                                                             <  2:442537/81‑1 (MQ=255)
     cGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTgg                                                                         <  2:442538/80‑1 (MQ=255)
        cATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGt                                                                     <  1:442539/81‑1 (MQ=255)
            tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGcc                                                                  <  2:442543/80‑1 (MQ=255)
            tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGcc                                                                  <  2:442542/80‑1 (MQ=255)
            tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGcc                                                                  <  2:442540/80‑1 (MQ=255)
            tCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGCGcc                                                                  <  2:442541/80‑1 (MQ=255)
             ccTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCg                                                                 <  1:442544/80‑1 (MQ=255)
                 gCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTggg                                                            >  2:442590/1‑81 (MQ=255)
                  cTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTgggg                                                           <  2:442545/81‑1 (MQ=255)
                  cTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTgggg                                                           <  1:442546/81‑1 (MQ=255)
                    ggtggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTggggg                                                          >  2:442579/1‑80 (MQ=255)
                     gtggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTa                                                        <  1:442547/81‑1 (MQ=255)
                       ggtATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAAt                                                      >  2:442582/1‑81 (MQ=255)
                              cTGTGTCTGTCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGATGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgc                                                <  2:442549/80‑1 (MQ=39)
                              cTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgcg                                               >  2:442603/1‑81 (MQ=255)
                              cTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGgcgcg                                               <  2:442548/81‑1 (MQ=255)
                                     tGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTgg                                        >  1:442608/1‑81 (MQ=255)
                                        cTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCaa                                     >  2:442585/1‑81 (MQ=255)
                                         tGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAAc                                    >  2:442595/1‑81 (MQ=255)
                                           cGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCt                                  <  2:442550/81‑1 (MQ=255)
                                            gTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTg                                 >  1:442587/1‑81 (MQ=255)
                                              tGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGa                               >  1:442588/1‑81 (MQ=255)
                                              cgTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGa                               >  2:442589/2‑81 (MQ=255)
                                                 aTGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgc                            >  1:442593/1‑81 (MQ=255)
                                                   gAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATgcgc                          >  2:442600/1‑81 (MQ=255)
                                                    aaaGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGcgcg                         >  1:442609/1‑81 (MQ=255)
                                                         tGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTg                    >  2:442596/1‑81 (MQ=255)
                                                           gTCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTgg                   <  2:442551/80‑1 (MQ=255)
                                                            tCGGTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaa                 <  2:442552/81‑1 (MQ=255)
                                                              ggTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaaaa               <  2:442553/81‑1 (MQ=255)
                                                              ggTGCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGaaa                <  2:442554/80‑1 (MQ=255)
                                                                 gCCGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGTTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacga            >  2:442610/1‑81 (MQ=255)
                                                                  ccGTTCTCGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAacgac           <  1:442555/81‑1 (MQ=255)
                                                                      tctcGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGtt        >  2:442598/1‑80 (MQ=255)
                                                                       ctcGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGttt       <  2:442557/80‑1 (MQ=255)
                                                                       ctcGGTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGttt       <  1:442556/80‑1 (MQ=255)
                                                                           gTAGTGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTc  >  1:442612/1‑81 (MQ=255)
                                                                              |                                                                             
CTGTACGCCATTTCCTTGCTGGTGGTATTCCTGTGTCTGGCTGCGTTGTATGAAAGCTGGTCGGTGCCGTTCTCGGTAATGCTGGTCGTGCCGCTGGGGGTAATCGGCGCGCTGCTGGCAACCTGGATGCGCGGGCTGGAAAACGACGTTTACTTC  >  NC_000913/2590214‑2590369

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑