Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC JC | NC_000913 | 1,293,032 | IS1 (–) +8 bp | intergenic (‑110/‑488) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | 211 (0.970) | 116/186 | 0.2 | 99.0% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | NC_000913 | = 1293039 | 2 (0.010) | intergenic (‑117/‑488) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase | |||||
* | ? | NC_000913 | 1293032 = | 2 (0.010) | 210 (0.960) | 96/186 | 1.4 | 99.0% | intergenic (‑110/‑495) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
Only 100 of 416 total aligned reads displayed.
ATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGA > NC_000913/1292941‑1293137 | tatTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGgg < 1:1504179‑M2/100‑3 (MQ=255) tGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaa < 1:5297130‑M2/100‑6 (MQ=255) ggggTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaat > 1:4007582‑M2/1‑94 (MQ=255) gggTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCACTAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatg > 1:5526273‑M2/1‑93 (MQ=255) ggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCaataa < 1:2215923‑M1/15‑1 (MQ=255) gtggtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgac > 1:3080280‑M2/1‑91 (MQ=255) agggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCaataaat < 1:951708‑M1/17‑1 (MQ=255) tggtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCTggtaatgact < 1:1311076‑M2/100‑11 (MQ=255) gggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatccgtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCaataaata > 1:2078234‑M1/83‑100 (MQ=255) gtTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactcc > 1:2468359‑M2/1‑88 (MQ=255) gacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTgccgc < 2:2208504‑M1/9‑1 (MQ=255) tttGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGgg > 2:4497283‑M2/1‑87 (MQ=255) acagccgatagaaacagacgctactccagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGtgccgcn > 2:385607‑M1/80‑88 (MQ=255) gttgAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaact > 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1:2014472‑M2/1‑8 (MQ=255) gtgCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgaga > 2:4233439‑M2/1‑6 (MQ=255) tgCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTcc < 1:3815700/100‑1 (MQ=255) tgCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTcc > 1:4899788/1‑100 (MQ=255) ccgccAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGtt > 2:4676396/1‑89 (MQ=255) ccGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacg > 2:4292869‑M2/1‑3 (MQ=255) cgccAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGa > 1:2361751/1‑100 (MQ=255) gggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgac < 2:218010‑M2/89‑89 (MQ=255) | ATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGA > NC_000913/1292941‑1293137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |