Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 331,806 G→A intergenic (+310/‑565) betT → / → yahA choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_000913331,8060GA100.0% 559.2 / NA 156intergenic (+310/‑565)betT/yahAcholine transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (65/91);  total (65/91)

Only 100 of 157 total aligned reads displayed.

GTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTGTGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAGGCATAGAGTAATGATACGTATGCATAACCAACATCTT  >  NC_000913/331662‑331951
                                                                                                                                                |                                                                                                                                                 
gTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGatat                                                                                                                                             >  2:329957/1‑151 (MQ=255)
gTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGatat                                                                                                                                             >  1:1801233/1‑151 (MQ=255)
gTTGCGAATGTTCAAAAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGNATGatat                                                                                                                                             >  2:2146556/1‑151 (MQ=255)
     gAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTAt                                                                                                                                        <  2:2348522/151‑1 (MQ=255)
       aTGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTg                                                                                                                                      >  1:725638/1‑151 (MQ=255)
           tCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAACTGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATg                                                                                                                                  >  1:2094744/1‑151 (MQ=255)
            cAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGt                                                                                                                                 >  2:2285241/1‑151 (MQ=255)
             aaTAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGtt                                                                                                                                >  2:1238193/1‑151 (MQ=255)
               tAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGtttt                                                                                                                              <  2:1067715/151‑1 (MQ=255)
                aaGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTa                                                                                                                             <  1:264557/151‑1 (MQ=255)
                 aGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTaa                                                                                                                            <  2:360013/151‑1 (MQ=255)
                  gTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTaaa                                                                                                                           <  1:2455281/151‑1 (MQ=255)
                         cTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGtt                                                                                                                    >  1:50403/1‑151 (MQ=255)
                          ttATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGttt                                                                                                                   <  2:2187781/151‑1 (MQ=255)
                          ttATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAACCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGttt                                                                                                                   <  1:547726/151‑1 (MQ=255)
                          ttATATAATGTAGATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATACATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTCTCTGTGTATGATATTTTATTGACTGTTTTAAATATTGttt                                                                                                                   >  2:1234036/1‑151 (MQ=255)
                           tATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATNTGTGTATGATATNTTATTGAATGTTTTAAATATTGtttn                                                                                                                  <  1:2470959/151‑2 (MQ=255)
                           tATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGtttt                                                                                                                  <  1:430465/151‑1 (MQ=255)
                           tATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGtttt                                                                                                                  <  1:2147124/151‑1 (MQ=255)
                           tATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGtttt                                                                                                                  >  2:595674/1‑151 (MQ=255)
                           tATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGtttt                                                                                                                  <  1:2363639/151‑1 (MQ=255)
                             tttAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTa                                                                                                                <  1:880653/151‑1 (MQ=255)
                              ttAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTAt                                                                                                               <  1:261943/151‑1 (MQ=255)
                               tAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTAtt                                                                                                              >  1:2122983/1‑151 (MQ=255)
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                                 aTGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTgg                                                                                                            >  1:924176/1‑151 (MQ=255)
                                      aaTATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTg                                                                                                       <  1:1859773/151‑1 (MQ=255)
                                         atTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCta                                                                                                    <  2:1267768/151‑1 (MQ=255)
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                                          ttGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCtat                                                                                                   <  2:1565439/151‑1 (MQ=255)
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                                                            gACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTg                                                                                 >  2:2151710/1‑151 (MQ=255)
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                                                                 attattCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGaa                                                                            >  2:489827/1‑151 (MQ=255)
                                                                  ttattCATTAGAATTGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATGTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGagt                                                                           <  2:1863291/151‑3 (MQ=255)
                                                                   tattCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTGTTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATg                                                                          <  2:748911/151‑1 (MQ=255)
                                                                   tattCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATGTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATg                                                                          <  2:768258/151‑1 (MQ=255)
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                                                                       cATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTTCTGAATGGAtt                                                                      >  2:2244354/1‑151 (MQ=255)
                                                                       cATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGAtt                                                                      <  2:174826/151‑1 (MQ=255)
                                                                         tGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCa                                                                    >  2:1341214/1‑151 (MQ=255)
                                                                            gaAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGCATGGATTCAGTc                                                                 >  2:2186078/1‑151 (MQ=255)
                                                                              aaTGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCtt                                                               <  2:2098183/151‑1 (MQ=255)
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                                                                                        gTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGACATTCAATTGCATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTggg                                                     <  1:2054540/151‑1 (MQ=255)
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                                                                                                       ttAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAgg                                      <  2:577215/151‑1 (MQ=255)
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                                                                                                               aCCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAGGCATAGAGt                              <  1:507651/151‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                               ggTTTAATTATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAGGCATAGAGTAATGATACGTATGCAt              >  2:1513885/1‑151 (MQ=255)
                                                                                                                               ggTTTAATCATCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGATAGGCATAGAGTAATGATACGTATGCAt              >  2:2355440/1‑151 (MQ=255)
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                                                                                                                                         tCTGTGTATGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAGGCATAGAGTAATGATACGTATGCATAACCAACATc    <  1:2163829/151‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                                |                                                                                                                                                 
GTTGCGAATGTTCAATAAGTTTAGTCTTATTTAATGTAAATATTGCTGATCATTTGAAATGACGCATTATTCATGAGAAATGTGTATCGTAAATCAACTGAAATTAACGCAACCATTTGTTATTTAAGGTTTAATTATCTGTGTGTGATATTTTATTGAATGTTTTAAATATTGTTTTTATTGGCATTGCTATAATATTGGTTATCATTTGCTGAATGGATTCAGTCTTAATGAGTGGGTTTTTAAGGGACAGGCATAGAGTAATGATACGTATGCATAACCAACATCTT  >  NC_000913/331662‑331951

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑