New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2405625 | 149 (1.000) | 8 (0.060) | 8/286 | 17.1 | 5.6% | intergenic (‑553/+78) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
? | NC_000913 | = 2405660 | 128 (0.900) | intergenic (‑588/+43) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunit A/transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
AGCAACAAATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGG > NC_000913/2405475‑2405774 | caacaaATTTACGTATTTTTTAACTTCATTTTATCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCTATATGCGATTAAGGATTTTTACT‑aaaaaaaa > 2:535840/1‑151 (MQ=255) caacaaATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑aaaaaaaa > 1:465383/1‑151 (MQ=255) aacaaATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAg > 1:515868/1‑151 (MQ=255) caaATTTACGTATTTTTTTTTTTTTTTTTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGcc > 2:2262412/1‑151 (MQ=255) caaATTTACGTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGcc < 1:1750672/151‑1 (MQ=255) cgggcaTTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTggg < 1:237165/146‑1 (MQ=255) gTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTTTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTGCTGCACTATGCGATGAAGGCGTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGtt > 2:41131/1‑151 (MQ=255) gTATTTTTTAACATCATTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGtt < 1:1869051/151‑1 (MQ=255) aCATCATTGTAGCAGGTTATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGAAAAAAAAA‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACAccc < 2:2557047/151‑1 (MQ=255) catcatTGTAGCAGGTGGTTTTTTTTATTTTTTTTTTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACAcccc > 1:2290256/1‑151 (MQ=255) catcatTGTAGCAGGTGATTTTTTTCTTTTTTTTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACAcccc > 2:1762599/1‑151 (MQ=255) catcatTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACAccc > 1:1163592/1‑151 (MQ=255) catcatTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACAcccc > 1:12895/1‑151 (MQ=255) catcagTGTAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACAcccc < 1:2289384/151‑1 (MQ=255) tAGCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCt < 2:1664583/151‑1 (MQ=255) gCAGGTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCg < 1:805012/151‑1 (MQ=255) gTGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGtttt < 1:1568352/151‑1 (MQ=255) tGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttt < 1:1171540/151‑1 (MQ=255) tGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttt > 1:352827/1‑151 (MQ=255) tGATTTTTTTCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGttttt < 2:798329/151‑1 (MQ=255) ttttttttCAGGCTATGATTTGTGCGTTCGTGTCGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑ACAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTa < 2:499945/150‑1 (MQ=255) tttttttCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 1:1431203/151‑1 (MQ=255) tttttttCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 2:2098955/151‑1 (MQ=255) tttgtttCAGGCGATTATTTGTGCGTGCGGGATGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGAGGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAATACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTac < 2:322492/151‑1 (MQ=255) tCAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTAtt > 1:1374396/1‑151 (MQ=255) cAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTg > 2:2180638/1‑151 (MQ=255) cAGGCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTg > 2:611645/1‑151 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCTTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc < 1:1858434/151‑1 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc > 1:613997/1‑151 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc > 1:2238089/1‑151 (MQ=255) ggCGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtc > 1:815310/1‑151 (MQ=255) cGATTATTTGTGCGTTCGGGCCGTCAAACTCTTGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtctc > 1:2190139/1‑151 (MQ=255) cGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtctc > 2:1630767/1‑151 (MQ=255) cGATTATTTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGtctc > 2:956913/1‑151 (MQ=255) attattTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAg < 1:110024/151‑1 (MQ=255) ttattTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAgg > 1:892043/1‑151 (MQ=255) tattTGTGCGTTCGGGACGTGAATCTCGGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGa < 2:597245/151‑1 (MQ=255) tgCGTTCGGGACGTGAATCTCTGGTGGTTGAAAAATGAACAGTTTTGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACT‑AAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATtatc < 1:962949/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |