Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 93.2% | 139.8 / 3.8 | 44 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base C (22/19); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAT > NC_002947/1419410‑1419678 | gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c > 1:327607/1‑140 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 2:327607/140‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCgg < 7:80910/149‑1 (MQ=255) cGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCAc > 4:283125/1‑149 (MQ=255) gCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccg > 1:133150/1‑148 (MQ=255) gCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc > 3:151258/1‑148 (MQ=255) cGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 2:310405/1‑149 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcac < 3:82069/149‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCcaca < 3:283125/149‑1 (MQ=255) aCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGGAGTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTTTCGGTGGGAATTTTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCATGGGATGG‑CATATTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAg > 1:270543/1‑149 (MQ=255) cGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt > 2:52902/1‑149 (MQ=255) gggAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGGCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 4:280345/147‑1 (MQ=255) gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 1:310405/149‑1 (MQ=255) tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGc < 2:133150/149‑1 (MQ=255) aGTTTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 6:29212/148‑1 (MQ=255) tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg > 5:194039/1‑149 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg > 3:220560/1‑149 (MQ=255) ttttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCAGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCTCCGGCACGCCCGCTCCCACATGTACAGTGCATTCCGTGa > 2:287007/1‑149 (MQ=255) gCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg > 7:310733/1‑126 (MQ=255) ccTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg > 4:102713/1‑149 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 6:88704/1‑149 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 4:220560/148‑1 (MQ=255) gttgcaGCCGGTCGTGCC‑GCCGGTGGTGGGTGCGGTTGTGGTGTCGGGTGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt < 6:263101/143‑1 (MQ=37) gAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 4:151258/149‑1 (MQ=255) aaGCAGGTCTTGCC‑GAGTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGTCTTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑CGTCTTCGCGGGCAAGCCCGGTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 1:287007/148‑1 (MQ=255) tCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 7:110758/1‑105 (MQ=255) ttGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTACCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACACCCGCTCCCACAGGGACTGTGCTGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTATGGGAGc > 4:71858/1‑149 (MQ=255) c‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTACGGGGCAGGGCGTGACGGGTGTGGTGCCCCGGGTGGAGCCGGc > 4:330771/1‑149 (MQ=255) ggtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcg > 5:68802/1‑149 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGGGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGa < 1:52902/149‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAaga < 3:102713/149‑1 (MQ=255) cTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAagag < 6:194039/148‑1 (MQ=255) gttgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc > 1:138351/1‑132 (MQ=255) gttgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 2:138351/132‑1 (MQ=255) gtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt > 4:109033/1‑119 (MQ=255) gtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgt < 3:109033/119‑1 (MQ=255) aTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCCCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCGAATGCAAgg > 3:344781/1‑149 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 4:290018/90‑1 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 3:290018/1‑90 (MQ=255) ttttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTa > 1:69295/1‑137 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGtgtg < 2:50778/140‑1 (MQ=255) ccTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGtgtg > 1:50778/1‑140 (MQ=255) gATTCTGGGTTGCCTGGGCGGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCTGGGCGTTAGGGCTGTGGTGACCCTGTGGTTGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTggg < 2:270543/148‑1 (MQ=37) gATTCGGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTACTGGGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 7:198496/147‑1 (MQ=37) ttCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGGGACGGCTGTGGTGACCCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGGTGGTa > 2:227428/1‑148 (MQ=37) tGGGTTGCGTGGGCGGG‑CGTCTTCGCGGCCACGCCCGCTCCCACTGGTCCTGTGCTGTGCGTGCCGGGGGTGGTGCCCGTGGGGGTGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAt < 4:344781/148‑1 (MQ=255) | GATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCC‑GACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAT > NC_002947/1419410‑1419678 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |