| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 48.2% | 41.5 / 159.1 | 114 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/29); new base G (29/26); total (59/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACC > NC_002947/4348589‑4348853 | ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 4:256628/1‑149 (MQ=31) tCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 4:199926/148‑1 (MQ=14) tCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 4:207218/148‑1 (MQ=31) tGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTgg > 7:193624/1‑148 (MQ=32) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTgg < 1:307611/146‑1 (MQ=17) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc < 3:77665/147‑1 (MQ=17) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg > 1:80380/1‑149 (MQ=17) tACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg < 6:137808/140‑1 (MQ=11) aCGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg > 1:329018/1‑148 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 6:346352/1‑148 (MQ=34) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 2:10652/149‑1 (MQ=21) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 3:256628/149‑1 (MQ=34) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:351140/149‑1 (MQ=34) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAg < 4:297771/149‑1 (MQ=21) cAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtct > 7:212577/1‑149 (MQ=21) cAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtct < 5:346352/149‑1 (MQ=34) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 3:331903/1‑149 (MQ=34) cGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CTCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTccc < 7:328942/149‑1 (MQ=21) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg < 4:231141/149‑1 (MQ=21) cGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAg > 5:313670/1‑143 (MQ=21) aCGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTc < 7:16006/149‑1 (MQ=34) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTcgc > 2:37392/1‑149 (MQ=21) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTcgc > 7:101331/1‑149 (MQ=34) cTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 1:160316/116‑1 (MQ=32) cTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg > 2:160316/1‑116 (MQ=32) cTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTcgcgc > 2:167188/1‑149 (MQ=34) tACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTcgcgc > 1:141913/1‑148 (MQ=21) tGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGAcc > 5:56760/1‑149 (MQ=21) tGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGAcc > 6:322418/1‑149 (MQ=34) ggcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCt > 2:351886/1‑149 (MQ=21) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtc > 4:131220/1‑125 (MQ=25) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCtt > 3:38160/1‑149 (MQ=34) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCtt > 7:292021/1‑149 (MQ=34) cggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTc < 4:38160/149‑1 (MQ=34) gcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCt < 6:162415/149‑1 (MQ=21) gcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCt > 7:15575/1‑149 (MQ=34) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGTCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGc < 2:141913/149‑1 (MQ=21) aTAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGc > 2:275962/1‑149 (MQ=21) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGt < 1:122174/126‑1 (MQ=35) aCCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTa < 3:128105/149‑1 (MQ=34) ccTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt < 4:331903/149‑1 (MQ=34) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATg > 2:242822/1‑149 (MQ=21) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGCCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCACGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTACCAGGGT‑AATTAGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCt > 5:354693/1‑149 (MQ=11) tCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTg > 2:286438/1‑149 (MQ=34) ggCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTc < 1:349018/149‑1 (MQ=34) ccTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGAGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTCTCGGa > 2:164827/1‑149 (MQ=21) tggtggCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATc > 6:153649/1‑148 (MQ=34) aagtggcgGTTAACCGCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATc > 3:54809/6‑148 (MQ=11) gcgcGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGt > 3:360023/1‑148 (MQ=34) gcgGTTAAC‑‑TGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg > 1:264381/1‑104 (MQ=255) gcgGTTAAC‑‑TGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAggg < 2:264381/104‑1 (MQ=255) gcgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca > 3:297457/1‑148 (MQ=34) gcgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca > 3:69842/1‑148 (MQ=34) ggTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa > 7:341812/1‑83 (MQ=18) gTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTAGGCTGACTTCTGCCCCCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGAAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGGTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACGGc > 2:197933/1‑149 (MQ=11) ttAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCg < 4:297457/149‑1 (MQ=34) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc < 1:276089/149‑1 (MQ=21) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc < 6:295810/149‑1 (MQ=21) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc > 3:4569/1‑149 (MQ=21) cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAg < 7:247518/142‑1 (MQ=34) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc > 6:265859/1‑132 (MQ=34) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc < 5:265859/132‑1 (MQ=34) aCTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTAt > 3:314107/1‑116 (MQ=35) aCTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGc > 5:65713/1‑148 (MQ=34) cTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa < 1:167188/149‑1 (MQ=34) ttACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTcc > 1:248929/1‑107 (MQ=25) ttACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTcc < 2:248929/107‑1 (MQ=25) ctacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCTTCGCCTTTCGACGCGCGTTATCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCGAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTa < 3:276102/148‑1 (MQ=255) ctacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCACGCGTACAGCTCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAt > 2:267923/1‑149 (MQ=21) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGa < 5:198266/97‑1 (MQ=255) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGAAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGa > 6:198266/1‑97 (MQ=255) cGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTGATGCGGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCATGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa < 6:353406/142‑1 (MQ=255) cGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCAGAGCGTTCCGTGCAAGTATTg < 4:54809/148‑1 (MQ=21) cGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGCTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa > 5:353406/1‑142 (MQ=21) cTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGAt < 2:246520/116‑1 (MQ=35) cTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGt > 5:78806/1‑135 (MQ=34) cTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCATGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCt > 3:269438/1‑149 (MQ=21) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCtt > 6:273590/1‑149 (MQ=21) ggCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTCAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 1:3401/104‑1 (MQ=255) ggCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 2:3401/1‑103 (MQ=25) gCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTATGGc > 7:195298/1‑149 (MQ=21) aCTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAtt < 5:273590/149‑1 (MQ=21) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGTATCTACGTCACAg < 1:14796/116‑1 (MQ=255) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCATTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAg > 2:14796/1‑116 (MQ=255) ttCCGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 2:342069/1‑149 (MQ=21) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 6:56760/148‑1 (MQ=21) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 1:218426/148‑1 (MQ=21) cTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 6:65713/148‑1 (MQ=34) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGc > 7:223957/1‑121 (MQ=25) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAg < 1:121092/124‑1 (MQ=25) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAg > 2:121092/1‑124 (MQ=25) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc < 2:80380/147‑1 (MQ=21) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGcc < 6:342595/148‑1 (MQ=34) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCa < 4:69842/149‑1 (MQ=34) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCa < 5:322418/149‑1 (MQ=34) aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGTGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc < 5:153649/149‑1 (MQ=21) aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc < 4:360023/149‑1 (MQ=34) cGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAcc < 1:286438/149‑1 (MQ=34) aTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAcc > 4:316546/1‑149 (MQ=34) aTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCAcc < 7:336565/149‑1 (MQ=34) | TTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGT‑AATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACC > NC_002947/4348589‑4348853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |