| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,027,329 | +T | coding (119/1005 nt) | wbpL → | glycosyl transferase WbpL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,027,327 | 1 | . | T | 97.7% | 141.5 / ‑3.6 | 44 | coding (117/1005 nt) | wbpL | glycosyl transferase WbpL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (18/25); total (19/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCTCGATCTTTTCTGGGTGCACGCCGCCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACC‑TTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAGTGTGTTGGGGGCGGGGGGGCTGGTTGC > NC_002947/2027180‑2027458 | ccGCTCGATCTTTTCTGGGTGCACGCCGCCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGTTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACC‑t < 1:101964/149‑1 (MQ=255) aTCTTTTCTGGGTGCACGCCGCCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCaa > 7:246561/1‑149 (MQ=255) tCTTTTCTGGGTGCACGCCGCCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAAc > 3:175505/1‑149 (MQ=255) cACGCCGCCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAggcggc < 5:220422/149‑1 (MQ=255) cgccgcCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAggcggcgg < 4:240516/149‑1 (MQ=255) gccgccCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAggcggcggc > 2:103071/1‑149 (MQ=255) cgccCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCggctt < 8:246561/149‑1 (MQ=255) cgccCATGATAGGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCAGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCggctt < 4:149575/149‑1 (MQ=255) gccCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCggcttg < 1:288436/149‑1 (MQ=255) gccCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCGGTTGGACATCCCCACTGCGCGTAGCTCTCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCggcttg < 5:326072/149‑1 (MQ=255) cATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCggcttggct > 6:181398/1‑149 (MQ=255) aTGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCggcttggctt < 2:55559/149‑1 (MQ=255) gATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTc > 1:34217/1‑149 (MQ=255) tGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTgg < 4:13961/149‑1 (MQ=255) 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gCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCATAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCtg‑gg < 6:210916/149‑1 (MQ=255) gatgaCCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTg < 6:92304/113‑1 (MQ=255) gatgaCCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTg > 5:92304/1‑113 (MQ=255) gatgaCCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCtg‑gggtgg > 2:405773/1‑149 (MQ=255) gccgTGCTGCGACGCTATGCGCTGTCCCGTAGACTGTTGTACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGGGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGt < 8:125088/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGTTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTgg > 1:340128/1‑128 (MQ=255) 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cTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCa < 4:152988/149‑1 (MQ=255) tATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAg > 7:179816/1‑149 (MQ=255) cTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGa < 2:34217/149‑1 (MQ=255) tGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGTGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGAc < 6:308379/149‑1 (MQ=255) gcccGTAGCCGGTTGGACATCCCCACTGCGCGTAGCGCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGGGGCTTGGCTTTCGGGGGCGCTTTCCTGGCTGCGTGGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGGACGTTGCTCCGGCAGTGCTGAc < 3:47944/146‑1 (MQ=255) ccGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCtg‑gg < 4:11324/112‑1 (MQ=255) ccGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCtg‑gg > 3:11324/1‑112 (MQ=255) ccTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAGTGTGTTg < 5:181398/149‑1 (MQ=255) ccTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAGTGTGTTg < 4:82329/149‑1 (MQ=255) ttGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTGCGGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAGTGTGTTgggg < 1:103071/149‑1 (MQ=255) aTCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAgtgtgt < 4:49866/137‑1 (MQ=255) aTCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAgtgtgt > 3:49866/1‑137 (MQ=255) gcgTAGCTCGCAT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAGTGTGTTGGGGGCGGGGGGGCTGGTTgc > 3:121970/1‑148 (MQ=255) aT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGa < 2:167682/106‑1 (MQ=255) aT‑ACCTTTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGa > 1:167682/1‑106 (MQ=255) | CCGCTCGATCTTTTCTGGGTGCACGCCGCCCATGATATGGCTGATTGTGCTGGCAACTGTAGCCTCGTGCTTGATGACCGCCGTGCTGCGCCGCTATGCGCTGTCCCGTAGCCTGTTGGACATCCCCAATGCGCGTAGCTCGCAT‑ACC‑TTGCCAACCCCGCGAGGCGGCGGCTTGGCTTTCGTGGTCGCTTTCCTGGCTGCGTTGCTGGGCCTG‑GGGTGGGGCGGGTACGTTGCTCCGGCAGTGCTGACCAGTGTGTTGGGGGCGGGGGGGCTGGTTGC > NC_002947/2027180‑2027458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |