| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 524,167 | 0 | A | G | 28.6% | 75.6 / 17.0 | 54 | intergenic (+34/‑782) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/25); new base G (13/1); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTC > NC_002947/524029‑524309 | gATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCCGT‑Agg > 4:128637/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCCTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGc < 7:393336/149‑1 (MQ=255) tGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGAGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGTGGCCGGT‑AGGccggc > 7:287836/1‑146 (MQ=255) aCAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCCGT‑AGGCC‑TCACCCCGTTGttt > 8:415780/1‑149 (MQ=255) aCAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGCGGCCCGG‑TGGGC‑TCCCCGCTTTGttt > 5:332518/1‑149 (MQ=255) ggACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GAGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTgg < 1:299044/149‑1 (MQ=255) ggACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCAGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCGGT‑TGGCC‑TCCCCCCATTGttttttg > 1:297472/1‑147 (MQ=255) cATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATAGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGTGCAGGT‑AGGCC‑AACCCCCAATGATTTTTGGGtttt > 2:119295/1‑148 (MQ=255) gTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTTGGGGTtggtg > 2:97389/1‑149 (MQ=255) tttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTtggtg < 5:155405/148‑1 (MQ=255) gTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGc < 2:101745/109‑1 (MQ=255) gTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGc > 1:101745/1‑109 (MQ=255) cTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGGCGGT‑TGGCC‑TGCCCGCGAGGGTTTtgggggttgggggtggggg > 7:399003/1‑144 (MQ=255) cTTGGGGCTACCCATGTGTCCCACGCGGCCAAGAAGCCGTTTGGCCGGGTAACCCTCAAGGCGCCGTGCTTGCCTGGATGGGGTCGCAATAAACAAGC‑GGGGCGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtg < 4:39211/149‑1 (MQ=25) ttGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGCGGGGGGGGCCGGG‑GGGCG‑ACCCCCGGATGTTTTTTGGTTTTGGGGTttgttg > 4:250709/1‑149 (MQ=255) cTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagg < 3:128637/149‑1 (MQ=255) cATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCCGG‑ATGCC‑CCCCCCCGTTTTTTTTGGGGTTTGGTTGTTGGTGTTTTaatgggag > 4:375026/1‑149 (MQ=255) aTGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCACGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagggggagg < 3:375026/149‑1 (MQ=255) aTGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagggggagg < 7:415780/149‑1 (MQ=255) tgtgtgCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGc < 4:68988/100‑1 (MQ=255) aGCGGGCAAGAAGTCGTTTTGCCGGTTTACGCTCTAGGCTGAGTGATTGCCTGGATTGTGTAGCTATATAGAAGG‑GGGGAGGGCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGtttt < 3:309576/149‑1 (MQ=38) aGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGTTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGtttt < 7:175100/149‑1 (MQ=255) gTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGTGGGGCG‑CCCCCGGTTTTTTTTTGGGGTTT‑GTGGTTGGGGTTGTTGGGGGGGGGGGGGGGTTTTATCGGGTGttt > 7:132041/1‑148 (MQ=255) gcagggTTACCCTCAAGGCGGAGGGAATGCCTGGATGGTTTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑GCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTGGGGGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGGTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTgag < 6:442569/146‑1 (MQ=37) gCCGGGTCCCCGTCACGGCTGACTGATGGCCGGCATGTGGAACATATAACGATGC‑GGGCGGGCCGGT‑CGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTga < 8:359200/148‑1 (MQ=19) ccGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGCGGCCCGG‑AGGCC‑GCCCCGCGTTGTTTTTTGGGTTTGGTGGTTGGGGTTGTTGGGGGGGGGGGGTGTTTTTAGAGGGTGTTTGCGGTgtga > 3:314088/1‑149 (MQ=255) cGGGTTACCCTCAAGGCTTACTGATTGCCTGGATGGTGGAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑ACGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGTTGAGAt < 6:331882/149‑1 (MQ=38) ggTTACCCTAAAGGCTGAGGGATGGCCTGGAGGGTGTAGGTATATAGACGC‑GGGGAGGCCGGT‑TGGCC‑TCCCGGGTTTGTTTTTGGGGTTTGATGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAtgt < 1:119295/149‑1 (MQ=37) ccTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGG‑AGGCCACCCCCCCATTTTTTTTTGGGTTTGTTGTTTG‑TGTTGTTTGGGGGGGGGGGGGTTTTTATAGGGTGTTTGAGGTGAGATatgtgacc > 4:401276/1‑145 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGG‑AGGCC‑GGCCCCCGGTTTTTTTTTGGGTTGGTGGTTTGTGTTGTTGGGGGGGGGGGGGGTTTTTTGAGGGTGTTTGTGGGGGGTTGTGTACGCca > 2:371518/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCGGG‑AGGGC‑ACCCCCCGTTTTTTTTTGGGTTTGGTGGTTGGGGTTGTTGGGGGGGGGGGGGGGTTTTTTAGGGGGTTTGGGGTGAGATGTTTACGccc > 2:12711/1‑148 (MQ=255) tCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TACCCGCGGTGTTTTTGGGGGTTGGTGGTTGGTGTTGTTGGGGGAGGGGGGGGTTTTGATAGGGTGTTTGCGGGGAGATGTTTACGCca > 7:92163/1‑149 (MQ=255) cTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGGCGGG‑AGGCC‑GGCCCGCGTTTTTTTTTGGGGTTGGTGGTTGGTGTTTTTGGGGGGGGGGGGGGTTTTTTTAGGGTGTTTGGGGGGTGGTGTTTGCGCCCCAAcc > 2:264664/1‑148 (MQ=255) cTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTAAATAGACGC‑GGGGCGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGCGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAAccc < 1:97389/149‑1 (MQ=255) gTGATTGCCTGGATGGGGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTg < 4:69882/148‑1 (MQ=255) gTGATGGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGc < 8:132041/149‑1 (MQ=255) tGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGGCCGGG‑AGGGC‑GCCCCCCCATGTTTTTTTGGGTTTGTGGGTGGGGGTGTTTGGGGGGGGGGCTGGTTTTATGGGGTGTTTTGGGTGTGTTGTGTGCGCCCCAAcccagaaa > 2:123851/1‑144 (MQ=255) aTTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAgc < 6:332518/149‑1 (MQ=255) tGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt < 2:249476/149‑1 (MQ=255) tGGAGGGGGCAGCTATCACGACGC‑CGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt < 8:399003/149‑1 (MQ=21) gATGGGGTAGCTATATCGACGC‑GGGGAGGCCGGT‑CGGCC‑GCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTGTGGGGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCGGTTTTGAGAGGGTGGTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt < 3:62829/147‑1 (MQ=25) gATGGGGTAGCTATATAGCCGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTCGGGGGCGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCtgt < 3:376542/147‑1 (MQ=25) tAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAg < 8:287836/149‑1 (MQ=255) cTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTggtggt < 5:109324/58‑1 (MQ=255) aaaGC‑GGGGAGGCCTAC‑CGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTga < 6:331823/80‑1 (MQ=21) aaaGC‑GGGGAGGCCTAC‑CGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTga > 5:331823/2‑81 (MQ=21) aaaGC‑GGGGAGGCCTAC‑CGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGccgcccgc > 7:24406/2‑149 (MQ=255) aaaGC‑GGGGAGGCCTAC‑CGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGccgcccgc > 4:350373/2‑149 (MQ=255) aaGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGt < 3:118438/95‑1 (MQ=255) aaGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGGTTTTGGGGGTTGGTGGTTGCTGGTGTAGGGGGAGGGGGCTGGTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcg > 2:384030/1‑149 (MQ=255) aaGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCCCTTTGTTTTTTGGGTTTGGTGGTTGGTGTTTTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGGGGt > 4:118438/1‑95 (MQ=25) gC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTc > 7:181314/1‑149 (MQ=255) gC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTc > 2:118172/1‑149 (MQ=255) gC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTc < 4:314088/149‑1 (MQ=255) | GATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGGCCGGT‑AGGCC‑TCCCCGCTTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTC > NC_002947/524029‑524309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |