Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 96.0% | 163.6 / ‑0.4 | 50 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (16/32); total (18/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126504‑1126784 | ggCCGATGTCGATCTTTAACTGGTCTAAGAGGGTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGGTAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑cccgctc < 8:164042/149‑6 (MQ=37) gccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTAACCCGAATGGGGA‑GGGGTAGCCACCAACGCCATAGCGGGT‑TAA‑ccccctc > 1:366969/1‑143 (MQ=255) gccgatgccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTAACCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATAGCATTAGCGGGT‑AAACCCGCTcc > 5:104694/1‑149 (MQ=255) ccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 8:106198/148‑1 (MQ=255) atCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTTGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTTACCGCGCATGCGGG‑GGTGTAGCCACCAGGGCATTCGCGGGTGAGC‑CCGGGCCTGCACAGAG‑c > 8:386536/1‑149 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACagag < 1:254097/143‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑ccc < 2:119446/146‑1 (MQ=255) gAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGc < 5:126948/148‑1 (MQ=255) 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ccGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc < 5:358715/136‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACAcc > 6:358715/1‑136 (MQ=255) ccGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc < 5:183800/149‑1 (MQ=255) ccGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc > 2:118982/1‑149 (MQ=255) ataGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc < 1:162647/131‑1 (MQ=255) 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aTTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcg < 6:319854/149‑1 (MQ=255) gcgGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 7:54861/149‑1 (MQ=255) gggT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAccc > 3:95903/1‑131 (MQ=255) gggT‑AAACCCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAccc < 4:95903/131‑1 (MQ=255) | GGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGGA‑GGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAG‑CCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126504‑1126784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |