| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 914,624 | Δ1 bp | 7.0% | coding (1335/1743 nt) | fruA → | PTS fructose transporter subunit IIBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 914,624 | 0 | G | . | 7.0% | 183.5 / 7.3 | 57 | coding (1335/1743 nt) | fruA | PTS fructose transporter subunit IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/31); new base . (2/2); total (24/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.78e-01 | |||||||||||
ACAGCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTT > NC_002947/914479‑914770 | aCAGCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGAcc < 2:235211/149‑1 (MQ=255)aCAGCAAGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGAcc < 8:267419/149‑1 (MQ=255) cAGCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGa < 8:254894/146‑1 (MQ=255) cAGCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCa < 6:200481/149‑1 (MQ=255) gCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATg < 3:367252/149‑1 (MQ=255) gCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATg < 7:200335/149‑1 (MQ=255) accaccAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCgg > 8:236772/1‑149 (MQ=255) caccaATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCa < 3:246362/149‑1 (MQ=255) caccaATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCa < 1:7594/149‑1 (MQ=255) ccaATGCCATCCTGCTGGGGCAGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATg > 7:187522/1‑149 (MQ=255) gCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑gcc > 7:223299/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCCGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑gccgcc > 8:57813/1‑149 (MQ=255) gggCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGGGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAATCGGCGGC‑ACCATGCCGGCGGCCATGGTCGCCGCC‑ATTGGc < 3:22731/147‑1 (MQ=25) gCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTgg < 7:301205/149‑1 (MQ=255) 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atgTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGc < 8:316898/149‑1 (MQ=255) cGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTg < 5:88901/124‑1 (MQ=255) cGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTg > 6:88901/1‑124 (MQ=255) gTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGgcg > 8:161975/1‑149 (MQ=255) gACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCaa < 7:236772/149‑1 (MQ=255) cTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGtt > 2:297365/1‑149 (MQ=255) ggCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTc < 2:382876/147‑1 (MQ=255) gCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGc < 7:383936/148‑1 (MQ=255) gCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCaga < 2:46028/149‑1 (MQ=255) cGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCg > 1:375986/1‑141 (MQ=255) cGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCg < 2:375986/141‑1 (MQ=255) cGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGCCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAgagc > 1:128992/1‑149 (MQ=255) gATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAgagcg < 5:282481/149‑1 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGTCCAGAGCGAgcgc > 8:132835/1‑149 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAgcgc > 8:62240/1‑149 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAgcgc < 8:187522/149‑1 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAgcgc > 4:133423/1‑149 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGC‑ACCAT‑GCCggcggccat > 3:394946/1‑78 (MQ=37) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGC‑ACCAT‑GCCggcggccat < 4:394946/81‑4 (MQ=37) aGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCa < 7:42369/136‑1 (MQ=255) aGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCa > 8:42369/1‑136 (MQ=255) gggCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCggcgctggcgct > 2:11159/1‑149 (MQ=255) ggCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGgcgctggcgctg < 2:145218/149‑1 (MQ=255) gctgctGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGcgctggcgctgg < 7:161975/149‑1 (MQ=255) gctgctGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGcgctggcgctgg > 6:176033/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTggg > 6:325296/1‑149 (MQ=255) ctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTgggg < 3:133423/147‑1 (MQ=255) ggCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCtgt > 6:144383/1‑149 (MQ=255) gCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCATGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCtgtg < 7:57813/149‑1 (MQ=255) cTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCt > 3:3513/1‑149 (MQ=255) cTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCt > 3:152659/1‑149 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTc < 8:223299/148‑1 (MQ=255) tcgAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCAt < 7:62240/149‑1 (MQ=255) gAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCAtct > 8:200072/1‑149 (MQ=255) gAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCAtc < 5:144383/148‑1 (MQ=255) cgcgCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAgg < 7:200072/149‑1 (MQ=255) caatcggcggc‑ACCATGCCGGCGGCCATGGTCGCCGCC‑ATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGc > 3:126203/6‑148 (MQ=37) aaT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGTCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGa < 7:132835/149‑1 (MQ=255) cggcgACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCGAGAGCGCGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGCGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCg > 1:338296/1‑149 (MQ=255) gcgACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGtt < 8:357286/149‑1 (MQ=255) | ACAGCATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCCAAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGGCATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTT > NC_002947/914479‑914770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |