New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1419549 = | 41 (0.630) | 7 (0.140) | 6/206 | NT | 27.5% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1419637 = | 5 (0.100) | intergenic (‑126/+10) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGT > NC_002947/1419401‑1419624 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑c < 1:198299/149‑1 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctgg‑cc > 3:286969/1‑148 (MQ=255) accgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTcg < 2:171905‑M1/7‑1 (MQ=255) ggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGACGCAGGTCTTGCCGACGGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgc < 5:287919/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgcg < 6:139764/147‑1 (MQ=255) tGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgcg > 5:139764/1‑147 (MQ=255) cccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCggg > 1:22004‑M1/139‑149 (MQ=255) ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCa > 6:342504/1‑149 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 4:286969/149‑1 (MQ=255) ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGGGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGTC‑TCTTCGCGGGCACGc < 8:112404/149‑1 (MQ=255) gatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCt > 7:258662‑M1/129‑149 (MQ=255) tGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc > 2:299266/1‑149 (MQ=255) tGCGGAACAGCGAGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc > 3:177866/1‑149 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca > 3:200120/1‑148 (MQ=255) aaCAGCGGGCGCTGGTTGTTTTCGCCTTTGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGCGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 8:322565/149‑1 (MQ=255) aCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 2:133278/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 4:356640/1‑148 (MQ=255) ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgt < 1:355162/149‑1 (MQ=255) ccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc < 7:312740‑M1/42‑1 (MQ=255) catgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 5:251759‑M1/43‑1 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGt < 4:177866/148‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 5:342504/147‑1 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt > 5:299471/1‑148 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 2:269487/1‑114 (MQ=255) aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 1:269487/114‑1 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc < 3:356640/148‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGt > 2:347932/1‑130 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 6:299471/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 2:292373/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCAGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 1:299266/149‑1 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGGGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGGTGCCTGGGCTGG‑CATCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 2:124658/149‑1 (MQ=255) ctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTggg > 3:397113‑M1/83‑149 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 1:408720/147‑1 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 2:408720/1‑147 (MQ=255) gtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa > 6:251759‑M1/80‑147 (MQ=255) gtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa > 1:252794‑M1/80‑147 (MQ=255) tcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCg > 5:203621‑M1/79‑149 (MQ=255) gagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcactccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGGTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCggg > 8:312740‑M1/77‑149 (MQ=255) ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCggg < 4:200120/149‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 2:361177/109‑1 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg > 1:361177/1‑109 (MQ=255) aCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:292373/149‑1 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt < 2:218842/123‑1 (MQ=255) gtggGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt > 1:218842/1‑123 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCAc > 6:10654/1‑79 (MQ=255) gggTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCAc < 5:10654/79‑1 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCg > 6:360356/1‑130 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCg < 5:360356/130‑1 (MQ=255) ttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgc < 2:396933/60‑1 (MQ=38) ttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTcgc > 1:396933/1‑60 (MQ=38) cATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGt > 1:270133/1‑81 (MQ=255) cATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGt < 2:270133/81‑1 (MQ=255) gATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 6:15494/77‑1 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGG‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGT > NC_002947/1419401‑1419624 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |