New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3115549 | 47 (0.720) | 5 (0.080) | 4/248 | NT | 10.0% | coding (287/1527 nt) | PP_2732 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3115576 | 46 (0.750) | coding (314/1527 nt) | PP_2732 | hypothetical protein |
TCGTTCTCATCTTCAGCGCCATGCGGCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTGGGCCACAGAACGTCGCCAGC > NC_002947/3115402‑3115692 | tggTTCTCATCTGCAGCGCCATGCCGCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGGTGGGAGGTGCACTATGTCGACCTGGACGCCTAGGGTAACAGCGGGAGCATCGTGGGGGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGccacc < 2:376955/147‑1 (MQ=255) aTCTTCAGCGCCATGCGGCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGGTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCa < 5:110727/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCATGCGGCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACtt < 4:119217/147‑1 (MQ=255) cAGCGCCATGCGGCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACtt < 5:130320/147‑1 (MQ=255) ggCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGTGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGt < 5:223535/149‑1 (MQ=255) ggCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGt < 4:121536/149‑1 (MQ=255) ggCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGt < 6:46276/149‑1 (MQ=255) gCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAgtggcg < 3:58806‑M2/149‑7 (MQ=255) cccAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACtcaccgcactcggtcaagtgaatgtgggtggcgc < 4:353344‑M1/149‑35 (MQ=255) ccAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACtcaccgcactcggtcaagtgaatgtgggtggcgcc > 4:334299‑M1/1‑114 (MQ=255) aGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTg > 6:81070/1‑149 (MQ=255) aGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTg < 4:58806/149‑1 (MQ=255) ggCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACtcaccgcactcggtcaagtgaatgtgggtggcgcccaa < 3:210952‑M1/149‑39 (MQ=255) gCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACtcaccgcactcggtcaagtgaatgtgggtggcgcccaag < 7:16566‑M1/149‑40 (MQ=255) gCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACtcaccgcactcggtcaagtgaatgtgggtggcgcccaag < 3:334299‑M1/149‑40 (MQ=255) aaCGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCtt < 8:289834/148‑1 (MQ=255) gCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCg > 4:114726/1‑149 (MQ=255) cACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGcc > 1:137690/1‑149 (MQ=255) tGTCGTACTGGACGCCGAGGGTATCAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTtg < 8:16840/149‑1 (MQ=255) tGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTtg > 2:101269/1‑149 (MQ=255) tCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTtgtg > 3:308402/1‑149 (MQ=255) tCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTtgt < 8:56072/148‑1 (MQ=255) gAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTtgtgt < 3:114726/148‑1 (MQ=255) aaCTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTgg > 6:29971/1‑149 (MQ=255) cGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTCGCAGCGATGGCATCAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGGTTcgcg < 6:263598/149‑1 (MQ=255) gCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGa < 3:269619/149‑1 (MQ=255) gAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGTCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGacac < 6:39530/149‑1 (MQ=255) aaGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGacac > 6:345834/2‑149 (MQ=255) aaCAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGttt > 8:83662/1‑149 (MQ=255) aaCAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGttt > 3:260954/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGAAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGtttt > 8:382702/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCg < 2:51928/113‑1 (MQ=255) cGGCAGGATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACATGCGTTTTCtgt < 4:207024/149‑1 (MQ=255) gcagcaTCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGc < 2:137690/149‑1 (MQ=255) gcagcaTCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGc > 6:155879/1‑149 (MQ=255) cagcaTCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCt < 4:260954/149‑1 (MQ=255) caTCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGTCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTcgc > 8:195423/1‑127 (MQ=255) caTCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGTCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTcgc < 7:195423/127‑1 (MQ=255) caTCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTccc < 5:81070/149‑1 (MQ=255) gTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTg < 1:101269/148‑1 (MQ=255) gTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTg > 8:225767/1‑148 (MQ=255) tGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGaa < 7:225767/149‑1 (MQ=255) tGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGaa < 7:382702/149‑1 (MQ=255) ttGCATCGATGGCAACAATCCTTGGGCGCCACCAACATTAACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTTCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCgg > 2:207364/1‑149 (MQ=255) gATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTgg < 5:29971/149‑1 (MQ=255) gATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTgg < 5:155879/149‑1 (MQ=255) aTGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTAACTTGACCGACTGCGGTGAGACGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCCTGAAGCCTTCGGCCGCTgcg > 7:203626/1‑147 (MQ=255) tGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTGGGc < 7:83662/149‑1 (MQ=255) tGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTGGGc > 4:380954/1‑149 (MQ=255) ccTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTGGGCCACAGAACGt > 2:110136/1‑149 (MQ=255) cTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAgtggcgcccaaggcttgttgccatcgatgcaactcacccacgatgctgccgctgttaccctcggcgtccagttcgacatagtgcacctgccaaccccgttcacgcagggc < 3:334299‑M2/149‑111 (MQ=255) cTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAgtggcgcccaaggcttgttgccatcgatgcaactcacccacgatgctgccgctgttaccctcggcgtccagttcgacatagtgcacctgccaaccccgttcacgcagggc < 7:16566‑M2/149‑111 (MQ=255) ttGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAgtggcgcccaaggcttgttgccatcgatgcaactcacccacgatgctgccgctgttaccctcggcgtccagttcgacatagtgcacctgccaaccccgttcacgcagggcc < 3:210952‑M2/149‑112 (MQ=255) ttGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTccc > 2:341183/1‑115 (MQ=255) ttGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTccc < 1:341183/115‑1 (MQ=255) gggCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTc > 3:253008/1‑104 (MQ=255) gggCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTc < 4:253008/104‑1 (MQ=255) ggCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAgtggcgcccaaggcttgttgccatcgatgcaactcacccacgatgctgccgctgttaccctcggcgtccagttcgacatagtgcacctgccaaccccgttcacgcagggcctgg > 4:334299‑M2/1‑35 (MQ=255) gcgcCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAgtggcgcccaaggcttgttgccatcgatgcaactcacccacgatgctgccgctgttaccctcggcgtccagttcgacatagtgcacctgccaaccccgttcacgcagggcctggg < 4:353344‑M2/149‑116 (MQ=255) cgcCACtcaccgcactcggtcaagtgaatgtgggtggcgcccaaggcttgttgccatcgatgcaactcacccacgatgctgccgctgttaccctcggcgtccagttcgacatagtgcacctgccaaccccgttcacgcagggcctgggc < 3:58806‑M1/149‑144 (MQ=255) | TCGTTCTCATCTTCAGCGCCATGCGGCATTTTGCCCAGGCCCTGCGTGAACGGGGTTGGCAGGTGCACTATGTCGAACTGGACGCCGAGGGTAACAGCGGCAGCATCGTGGGTGAGTTGCATCGATGGCAACAAGCCTTGGGCGCCACCCACATTCACTTGACCGAGTGCGGTGAGTGGCGCCTGGAGCAGGCCTTGCGTGATGCCGCACTGCCGCTTGTGTGGTTTCGCGACACGCGTTTTCTGTGCTCCCGTGAAGCCTTCGGGCGCTGGGCCACAGAACGTCGCCAGC > NC_002947/3115402‑3115692 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |