New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2396665 | 44 (0.680) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.3% | coding (2992/3636 nt) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
? | NC_002947 | = 2396687 | 48 (0.770) | coding (2970/3636 nt) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
GCAGGGTGGTCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTGGGCTGCTCT > NC_002947/2396540‑2396822 | gCAGGGTGGTCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGc < 2:251279‑M2/149‑2 (MQ=255) cAGGGTGGTCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGct < 7:170648‑M2/149‑3 (MQ=255) aGGGTGGTCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGctg > 7:211827‑M2/1‑146 (MQ=255) gggTGGTCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGctgg < 7:63144‑M2/149‑5 (MQ=255) ggtggtCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGctggc > 2:31052‑M2/1‑144 (MQ=255) tCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCt > 4:383107/1‑149 (MQ=255) ttGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAg > 2:114905/1‑149 (MQ=255) ttGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAg > 6:233511/1‑149 (MQ=255) ttGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAg > 4:10001/1‑149 (MQ=255) cATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGccc < 7:153838/149‑1 (MQ=255) cATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGccc < 3:67746/149‑1 (MQ=255) gcgcACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAgttgtt < 8:244443/149‑1 (MQ=255) gcgcACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAgttgtt < 2:121910/149‑1 (MQ=255) ggCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGcc > 8:183522/1‑148 (MQ=255) ggCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCa > 8:74765/1‑149 (MQ=255) aGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGt > 6:409997/1‑128 (MQ=255) aGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGt < 5:409997/128‑1 (MQ=255) gTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAg > 7:339147/1‑149 (MQ=255) gTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGt > 1:362318/1‑149 (MQ=255) tgCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGatcatc < 8:63144/149‑1 (MQ=255) cGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGa < 3:335019/149‑1 (MQ=255) cATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGa < 1:114905/149‑1 (MQ=255) cATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGa < 3:10001/149‑1 (MQ=255) ttGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAg > 6:320538/1‑149 (MQ=255) gAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGtt > 3:77346/1‑147 (MQ=255) gAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGtt > 8:28086/1‑147 (MQ=255) aGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAg > 6:31998/1‑149 (MQ=255) gTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGc < 3:383107/149‑1 (MQ=255) ccAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGt > 8:206558/1‑149 (MQ=255) cacaTCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGt < 6:294817/149‑1 (MQ=255) acaTCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTc > 7:362108/1‑149 (MQ=255) caTCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCg < 5:320538/149‑1 (MQ=255) aTCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGatc < 3:36423/117‑1 (MQ=255) aTCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCgg > 2:310346/1‑149 (MQ=255) aTCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCAAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGatc > 4:36423/1‑117 (MQ=255) aGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCCGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACg < 1:310346/149‑1 (MQ=255) gTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGt < 7:28086/149‑1 (MQ=255) tCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTc < 7:183522/149‑1 (MQ=255) ccTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAACTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCAGGCACGTc > 7:249473/1‑146 (MQ=255) cTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGctggcgacctggcgggaaggcgacttcgatgtgctggtactcgactgcaacatgccgcacatgaacg > 7:368104‑M2/1‑41 (MQ=255) cTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGctggcgacctggcgggaaggcgacttcgatgtgctggtactcgactgcaacatgccgcacatgaacg < 8:368104‑M2/108‑68 (MQ=255) cTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAgc < 4:314826/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAgctgct > 8:242149/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCggg < 1:251279/149‑1 (MQ=255) gTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGctggcgacctggcgggaaggcgacttcgatgtgctggtactcgactgcaacatgccgcacatgaacggttaccagctggcgactgccgtgcgcgccgaagaacgccatggcaagcgacc < 4:1049‑M2/149‑120 (MQ=255) aGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGttt < 7:242149/149‑1 (MQ=255) aGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCAGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGAGCATCGATGCCCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCCCGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGttt > 5:224634/1‑149 (MQ=255) gCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTgg > 3:277464/1‑149 (MQ=255) ccTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTggg < 8:362108/149‑1 (MQ=255) ccTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTggg < 4:77346/149‑1 (MQ=255) tCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTGGgctg > 3:312438/1‑149 (MQ=255) ccTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCAGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTGGgctg < 8:249473/148‑1 (MQ=255) gCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGttt < 1:261963/139‑1 (MQ=255) gCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGttt > 2:261963/1‑139 (MQ=255) cccATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTGGGCTGctct < 8:339147/148‑1 (MQ=255) ccATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGtt < 8:146755/136‑1 (MQ=255) ccATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGtt > 7:146755/1‑136 (MQ=255) | GCAGGGTGGTCGCTTGCCATGGCGTTCTTCGGCGCGCACGGCAGTCGCCAGCTGGTAACCGTTCATGTGCGGCATGTTGCAGTCGAGTACCAGCACATCGAAGTCGCCTTCCCGCCAGGTCGCCAGGCCTTCCTGCCCATCGCGGGCGCTGGCGTGCTCCAGGCCCAGGTAGCCAAGTTGTTGCGCCATCAGTTGCAGGTTGGCAGGGTGATCATCGATGACCAGCACGTTCAGCCGTGGGTCGGGCACGTCGAGCTGCTCGGGCAGCGGTTTGGGCTGCTCT > NC_002947/2396540‑2396822 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |