New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4457381 = | 50 (0.770) | 4 (0.060) | 3/258 | NT | 8.0% | coding (19/696 nt) | pcaI | 3‑oxoadipate CoA‑transferase subunit A |
? | NC_002947 | 4457483 = | 43 (0.680) | coding (121/696 nt) | pcaI | 3‑oxoadipate CoA‑transferase subunit A |
CAACTCCAGGAACAACCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAAC > NC_002947/4457335‑4457630 | cggcgttgttgctgatgatggtcaggtcgcgggcaccggtggcaatGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCa > 8:224267‑M1/47‑149 (MQ=255) cTCCAGGAACAACCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTg > 7:190875/1‑149 (MQ=255) cAGGAACAACCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCa < 3:220458/149‑1 (MQ=255) acaacCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGt > 6:410033/1‑149 (MQ=255) acaacCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGt < 4:309068/149‑1 (MQ=255) aacCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGc < 7:18501/149‑1 (MQ=255) aacCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGc < 7:12610/149‑1 (MQ=255) ggtcaggtcgcgggcaccggtggcaatGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCa > 6:89997‑M1/28‑130 (MQ=255) ggtcaggtcgcgggcaccggtggcaatGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCa < 5:89997‑M1/103‑1 (MQ=255) cTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACTGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCt < 7:76299/149‑1 (MQ=255) tCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTg < 7:53211/138‑1 (MQ=255) tCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTg > 8:53211/1‑138 (MQ=255) gCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGAc > 6:118995/1‑149 (MQ=255) gCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCAACGGTTCGCCCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGAc > 6:41242/1‑149 (MQ=255) gATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACcatca > 7:140019/1‑149 (MQ=255) gATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACcatca > 4:113992/1‑149 (MQ=255) aaTAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCatcatc < 6:349345/147‑1 (MQ=255) aaTAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGAAGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCatcatc > 5:349345/1‑147 (MQ=255) tAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGTTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACcatcat < 5:291008/144‑1 (MQ=255) tAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACcatcat > 6:291008/1‑144 (MQ=255) tACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGc > 6:220929/1‑149 (MQ=255) tgaggccatcgatcagctcggacggcatgccagccgtgccgaagccaccgaccatgatggtcgaaccgtcggtaatcccttccaccgcgctggcgatggactcATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGAcc < 5:89997‑M2/27‑1 (MQ=255) tgaggccatcgatcagctcggacggcatgccagccgtgccgaagccaccgaccatgatggtcgaaccgtcggtaatcccttccaccgcgctggcgatggactcATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGAcc > 6:89997‑M2/104‑130 (MQ=255) tgaggccatcgatcagctcggacggcatgccagccgtgccgaagccaccgaccatgatggtcgaaccgtcggtaatcccttccaccgcgctggcgatggactcATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCg > 8:224267‑M2/104‑149 (MQ=255) cGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGcc < 3:77618/148‑1 (MQ=255) GAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCgg < 3:158234‑M1/149‑1 (MQ=255) cATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACg < 3:113992/149‑1 (MQ=255) tCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGc > 4:267474/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCg < 8:190875/148‑1 (MQ=255) ccAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTg < 5:197700/96‑1 (MQ=255) ccAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTg > 6:197700/1‑96 (MQ=255) ccAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGa < 1:212012/117‑1 (MQ=255) ccAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGa > 2:212012/1‑117 (MQ=255) cgcgGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCg < 8:41094/149‑1 (MQ=255) tGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTg < 1:165477/149‑1 (MQ=255) tGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCACGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTg < 3:260102/149‑1 (MQ=255) aGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGgccg > 6:76220/1‑149 (MQ=255) tgccagccgtgccgaagccaccgaccatgatggtcgaaccgtcggtaatcccttccaccgcgctggcgatggactcATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGccc < 7:224267‑M2/73‑1 (MQ=255) gACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCAt > 8:173245/1‑149 (MQ=255) cGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATgg < 3:74706/149‑1 (MQ=255) gTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATggca < 8:250571/149‑1 (MQ=255) ttCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATggcag > 5:115088/1‑149 (MQ=255) aCCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGACCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGTCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTCCTCATGgcaggcag > 2:299651/1‑149 (MQ=255) ccATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCCCCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGc > 3:334991/1‑149 (MQ=255) atGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTgc < 5:118995/148‑1 (MQ=255) tCGGTGGCTTCGGCAGGGCTGGCATGCCGTCCTAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCACCGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAg < 1:299651/149‑1 (MQ=255) ggTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAgg < 5:410033/148‑1 (MQ=255) gCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTc < 4:158234/149‑1 (MQ=255) ttCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTg > 3:362685/1‑149 (MQ=255) ttCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTg > 5:178214/1‑149 (MQ=255) ggCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTc < 8:140019/149‑1 (MQ=255) gCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCgcgc < 4:334991/149‑1 (MQ=255) gTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTcc > 4:90197/1‑148 (MQ=255) aGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTcc > 7:80287/1‑149 (MQ=255) ggCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcga > 3:11785/1‑149 (MQ=255) ccTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcgac > 5:212456/1‑148 (MQ=255) ctcATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcgacg > 4:140672‑M2/4‑148 (MQ=255) cATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGTCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAAc < 3:267474‑M2/148‑1 (MQ=255) | CAACTCCAGGAACAACCAGGAGCTCGCCTTGATCAATAAAACGTACGAGTCCATCGCCAGCGCGGTGGAAGGGATTACCGACGGTTCGACCATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAAC > NC_002947/4457335‑4457630 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |