New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 6019270 | 31 (0.480) | 3 (0.060) | 3/218 | NT | 10.6% | intergenic (‑71/+74) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
? | NC_002947 | = 6019300 | 25 (0.470) | intergenic (‑101/+44) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
TTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGC > NC_002947/6019153‑6019447 | ttGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTc > 8:260100‑M2/1‑148 (MQ=255) gcgcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgt > 2:287532‑M2/1‑143 (MQ=255) gcgcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgt > 3:139758‑M2/1‑143 (MQ=255) gcgcAGGGCCTGGAGGGCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATGGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGGCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtg > 8:67873‑M2/1‑143 (MQ=255) cgcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgg > 2:402569‑M2/1‑142 (MQ=255) gcAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtggg > 4:135646‑M2/1‑141 (MQ=255) ggCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcg > 8:69366‑M2/1‑137 (MQ=255) ggAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGCATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaa > 7:331441‑M2/1‑132 (MQ=255) gTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcc > 4:81627‑M2/1‑128 (MQ=255) gATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTgctgtgggagcgggcaagcccgc < 3:20383‑M2/148‑24 (MQ=255) gCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGt > 8:98520/1‑149 (MQ=255) aTAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcg < 2:317682‑M2/115‑13 (MQ=255) aTAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcg > 1:317682‑M2/1‑103 (MQ=255) gCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTActgctg < 8:357426/149‑1 (MQ=255) ccTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGTTTGCCCGCTCCCACAGGTGGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTTTTCCTGTGGTAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGt < 4:394164/147‑1 (MQ=255) cTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAg > 3:35691/1‑149 (MQ=255) aTCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTCCCCGCACCCACAGGTCGTGCACAGATTTAAAAACCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGAAAGCCAGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTAACTGATGGTTAGCCGGCGCGATTTGCCCGTgat > 4:233699/1‑147 (MQ=255) gtggtgGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGc < 7:98520/149‑1 (MQ=255) ttGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCa > 5:211546/1‑148 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACg > 6:17989/1‑149 (MQ=255) gCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 6:325798/1‑148 (MQ=255) cTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga < 5:17989/149‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 3:108942/1‑146 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 4:31031/1‑146 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgc < 5:125823‑M2/148‑112 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgc > 6:125823‑M2/1‑37 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACg > 1:167670/1‑143 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACg < 2:167670/143‑1 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga < 4:108942/146‑1 (MQ=255) acaGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgcc < 8:340604‑M2/149‑115 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAATTCGGTGGGGTTCGTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGGCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGatatgc < 4:35691/147‑3 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAg > 1:250155/1‑149 (MQ=255) tCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAgg > 3:237777/1‑149 (MQ=255) gCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCtt > 6:105230/1‑149 (MQ=255) tttCAAAAGCGGTTGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACt < 3:233699/149‑1 (MQ=255) aaaGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCt > 5:187449/1‑149 (MQ=255) ggtggtGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGc > 7:39177/1‑149 (MQ=255) gtggtgTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACATGCTGTTACTGCTGGt < 5:116197/62‑1 (MQ=255) gtggtgTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGt > 6:116197/1‑62 (MQ=255) gtggtgTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGG‑CACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGctt > 7:163550/1‑149 (MQ=255) gtgtTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGG‑CACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGcttctt < 8:163550/149‑1 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCtt > 7:30988/1‑81 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCtt < 8:30988/81‑1 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgc < 6:187449/149‑1 (MQ=255) | TTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGC > NC_002947/6019153‑6019447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |