| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,166,193 | A→C | 8.5% | intergenic (‑92/+71) | PP_3666 ← / ← creA | MHS family metabolite MFS transporter/creatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,166,193 | 0 | A | C | 8.5% | 211.4 / 8.5 | 70 | intergenic (‑92/+71) | PP_3666/creA | MHS family metabolite MFS transporter/creatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/34); new base C (3/3); total (33/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
CGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGATC > NC_002947/4166050‑4166339 | cGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAAGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCcg < 3:319908/149‑1 (MQ=255) gTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCGGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgc < 4:150975/149‑1 (MQ=255) gTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCcgc < 3:369243/149‑1 (MQ=255) gggCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAAc < 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tCTTGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgcgaatag > 8:309566/1‑119 (MQ=39) tCTTGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTTCACCcgcgaatag < 7:309566/124‑6 (MQ=39) aGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCgg > 1:236746/1‑149 (MQ=255) ggttggtgCTGG‑ACATGACGGGTACCCTGTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGTGTCTGGTGGTCATAC‑GGTGATCTTGTTGTTGTCTGGGCAGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCgg < 8:448/145‑1 (MQ=255) ggtcgtTCTGG‑ACATGACGTGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGTATCTTGTTGTTGTCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCTCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGc < 1:79663/149‑1 (MQ=255) gtgCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGGGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGc < 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cTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTAt < 2:54636/148‑1 (MQ=255) tttAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTg > 2:256886/1‑149 (MQ=255) tAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGc < 7:72260/148‑1 (MQ=255) tAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGc < 7:79886/148‑1 (MQ=255) aTTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGaa > 3:399084/1‑149 (MQ=255) ggAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGa < 4:275276/133‑1 (MQ=255) ggAGGCAGGGTCTGGTGGTCATACGGGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGa > 3:275276/1‑133 (MQ=255) gAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAatgat < 5:260619/149‑1 (MQ=255) ggCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgt > 8:335051/1‑149 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgtt < 5:201069/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGAtgt < 2:236746/148‑1 (MQ=255) gTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCt > 6:388935/1‑149 (MQ=255) tggtggTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCg > 7:250803/1‑149 (MQ=255) tggtggTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCg < 3:281713/149‑1 (MQ=255) gtggtCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGc > 4:66662/1‑149 (MQ=255) ggggATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGc > 3:258329/1‑119 (MQ=255) ggggATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGc < 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(MQ=255) gttgttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTg < 3:66662/148‑1 (MQ=255) gttgttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGa > 2:90516/1‑149 (MQ=255) gttgttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGa > 6:401667/1‑149 (MQ=255) ttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGtt > 5:200455/1‑149 (MQ=255) ttgtCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGtt < 2:284698/149‑1 (MQ=255) tCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTtctc > 2:174297/1‑149 (MQ=255) cTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCg > 4:84962/1‑149 (MQ=255) ggccggccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGgcg > 6:399640/1‑149 (MQ=255) ggccggccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGgcg > 4:28478/1‑149 (MQ=255) gccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGa > 4:364030/1‑124 (MQ=255) gccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGa < 3:364030/124‑1 (MQ=255) gccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCt < 1:256886/149‑1 (MQ=255) gccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCt > 2:227197/1‑149 (MQ=255) ccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGc < 6:254204/113‑1 (MQ=255) ccTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGc > 5:254204/1‑113 (MQ=255) aggcgcgGGTTCACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTtctc > 6:406240/4‑136 (MQ=255) aggcgcgGGTTCACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTtctc < 5:406240/133‑1 (MQ=255) aggcgcgGGTTCACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCg > 5:249121/4‑149 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTg < 1:90516/148‑1 (MQ=255) gcgGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGa > 5:176656/1‑149 (MQ=255) cgGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGCTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGAc < 1:227197/149‑1 (MQ=255) tGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGATc < 7:76749/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGtt > 6:405105/1‑140 (MQ=255) aaCCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGtt < 5:405105/140‑1 (MQ=255) | CGTTGTGTGCGGGGCCGGCGATGGCGGATGGGTCTAGGGTGGTGCTGG‑ACATGACGGGTACCCTCTGGTTCTTTTAATTGGAGGCAGGGTCTGGTGGTCATAC‑GGGGATCTTGTTGTTGTCTGGGCCGGCCTATTCGCGGGTGAACCCGCGCCTGCGAAAACGGTGAAATCCCCGCAGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGCAGCCGACGCCGATGCTTATTTGCGAATGATGTTGTGCTCCGGCCCATACGGGAACTTGGTGATGTTCTCGGCGCCGCTGTCGTTGACGATC > NC_002947/4166050‑4166339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |