| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,348,705 | A→G | 52.3% | intergenic (‑70/+404) | PP_3820 ← / ← galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 52.3% | 2.2 / 144.6 | 111 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/27); new base G (32/26); total (58/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348589‑4348849 | ttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt > 3:244062/1‑149 (MQ=14)ttCTGCAGTACGGATCCCAACCAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCAGAACGTGTTCGGCACTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCCGATACTACGGCTACGGCTGACAACTGCACGCTCAT‑CCCCGCGCCTTGCGAGGCGCGGTAGCACAGt > 6:108791/1‑149 (MQ=11) tCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg > 2:397119/1‑149 (MQ=17) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 6:212402/148‑1 (MQ=17) cATTACGGGTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGGTCGGCCCTTGGGGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATACCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGc < 1:53643/148‑1 (MQ=11) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTTCTGGCGGCATAACCTGTTAGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg > 5:205491/1‑149 (MQ=17) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc > 6:151848/1‑149 (MQ=18) aCGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg < 8:293547/148‑1 (MQ=34) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg < 8:26383/147‑1 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg > 7:26383/1‑147 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 2:209395/149‑1 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 5:166384/149‑1 (MQ=34) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 7:59414/1‑148 (MQ=21) gTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACa < 1:253797/149‑1 (MQ=21) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa < 4:231503/141‑1 (MQ=17) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa > 3:231503/1‑141 (MQ=17) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAg < 7:222349/149‑1 (MQ=21) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAg < 6:164614/149‑1 (MQ=34) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAg < 2:83984/149‑1 (MQ=34) tACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGTGGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 1:314504/1‑146 (MQ=255) cAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtct > 6:61133/1‑149 (MQ=34) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 4:316365/1‑149 (MQ=21) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTACACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 8:385112/1‑140 (MQ=21) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTACACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 7:385112/140‑1 (MQ=21) cGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTcc > 3:7040/1‑148 (MQ=21) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAg < 3:134833/149‑1 (MQ=34) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc > 2:77395/1‑130 (MQ=21) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc < 1:77395/130‑1 (MQ=21) cGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑AGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCTGTAGCACAGTGGCAAGCATACAGATCTCCCAGGGTAAt < 6:209402/149‑1 (MQ=255) gCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgc > 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5:61133/149‑1 (MQ=34) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc > 1:137576/1‑114 (MQ=25) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGc < 2:137576/114‑1 (MQ=25) actacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTa > 5:114347/1‑149 (MQ=34) ctacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAt > 4:39578/1‑149 (MQ=21) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt > 7:367818/1‑149 (MQ=34) tacGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt > 8:275904/1‑149 (MQ=34) acGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTg > 2:394593/1‑149 (MQ=21) gCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGc < 6:357096/149‑1 (MQ=34) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCtt > 4:254423/1‑149 (MQ=34) cGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGt < 7:269291/119‑1 (MQ=25) cGGCTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGt > 8:269291/1‑119 (MQ=25) cGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCttt < 6:114347/148‑1 (MQ=34) ggCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCAAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTg < 4:273513/148‑1 (MQ=21) ggCTGACTTCTGCACGCTCAC‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTgg < 5:389462/149‑1 (MQ=21) cTGACTTCTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCg < 1:25475/149‑1 (MQ=21) tGACTTCTGCACGCTAAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGAGTACAGATATCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTACTGCTTATGGCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTACGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGa > 2:262332/1‑149 (MQ=11) cTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAttt < 7:344770/149‑1 (MQ=34) cTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAttt < 7:173427/149‑1 (MQ=34) cTGCACGCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg < 3:39578/147‑1 (MQ=21) aCGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc > 5:407834/1‑149 (MQ=34) aCGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc < 6:176783/149‑1 (MQ=34) gCTCGT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCt > 1:322382/1‑149 (MQ=21) | TTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCG‑CGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCAT‑CCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348589‑4348849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |