Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,563,124 | T→G | 8.3% | Q246P (CAG→CCG) | vgrG‑III ← | type VI secretion system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,563,124 | 0 | T | G | 8.3% | 142.9 / 4.9 | 48 | Q246P (CAG→CCG) | vgrG‑III | type VI secretion system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/21); new base G (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
TGTTTCAGTGAAGGGCTTGCCCACCGCATCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTC > NC_002947/4562976‑4563266 | tgtTTCAGTGAAGGGCTTGCCCACCGCATCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCt < 4:235115/149‑1 (MQ=255) tGAAGGGCTTGCCCACCGCAT‑‑CGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCcg > 2:287547/1‑149 (MQ=255) aaGGGCTTGCCCACCGCATCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCGGCaagtgcag > 5:270054/1‑142 (MQ=255) cTTGCCCACCGCATCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCGGCAAGTGCAgcgcga < 6:270054/149‑3 (MQ=255) gCCCACCGCATCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAgta < 1:159132/148‑1 (MQ=255) aTCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCt > 7:32841/1‑149 (MQ=255) tcgcTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGTTGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGc < 1:287547/148‑1 (MQ=255) ccccGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAgta > 2:362948/1‑124 (MQ=255) ccccGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAgta < 1:362948/124‑1 (MQ=255) cGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGcgcc > 2:387517/1‑149 (MQ=255) tAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCACAg > 3:17040/1‑149 (MQ=255) aTCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCaa < 8:299175/138‑1 (MQ=255) aTCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCaa > 7:299175/1‑138 (MQ=255) aTCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGc < 1:387517/149‑1 (MQ=255) aaaGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATg > 8:117377/1‑149 (MQ=255) aaGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATgc > 5:341579/1‑149 (MQ=255) aGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATgcg > 6:51499/1‑149 (MQ=255) gcTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCgg < 8:32841/149‑1 (MQ=255) gcTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTAGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCgg > 1:84387/1‑149 (MQ=255) cTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCggg > 2:183909/1‑149 (MQ=255) gTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAgc < 8:67243/128‑1 (MQ=255) gTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGc < 6:186680/147‑1 (MQ=255) gTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCACCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAgc > 7:67243/1‑128 (MQ=255) gTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGcca > 4:389984/1‑149 (MQ=255) cGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTgg > 4:77882/1‑149 (MQ=255) tGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCg < 3:77882/149‑1 (MQ=255) cGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTgg < 3:389984/149‑1 (MQ=255) ccACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCAGCAGTGGTGGCgaccag < 2:84387/149‑6 (MQ=255) cACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTa > 4:319229/1‑148 (MQ=255) aCTGGTCTGGGTCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTa > 3:393123/1‑147 (MQ=255) tCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCAcc > 2:44872/1‑149 (MQ=255) gggCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTg > 3:206236/1‑149 (MQ=255) cTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCgg < 4:291215/149‑1 (MQ=255) gtgCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTg < 8:314695/129‑1 (MQ=255) gtgCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTg > 7:314695/1‑129 (MQ=255) gtgCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCgggg < 6:207472/148‑1 (MQ=255) tgCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGc < 4:393123/148‑1 (MQ=255) tCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGa > 6:372467/1‑148 (MQ=255) ccTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGAca < 3:319229/149‑1 (MQ=255) tGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCtc < 7:348199/134‑2 (MQ=255) tGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCtc > 8:348199/1‑133 (MQ=255) gTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACatcatc > 3:14085/1‑147 (MQ=255) tAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTAGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCTCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGTTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACAtcatcctc < 6:341579/149‑1 (MQ=255) gggTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAg < 7:309219/149‑1 (MQ=255) gAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAgcg > 1:123787/1‑149 (MQ=255) tgtAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCtcg < 4:206236/149‑1 (MQ=255) tCGCGCTTCACTTGCCGCGCAGTCGGGACGTGCTCGCAATAGCGCACGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGGCAAAGCGCCTCgtcgtc < 4:288207/149‑1 (MQ=255) ctgcgcGGCAAGTGCAGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGcc > 6:204315/3‑113 (MQ=255) ctgcgcGGCAAGTGCAGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGcc < 5:204315/111‑1 (MQ=255) | TGTTTCAGTGAAGGGCTTGCCCACCGCATCGCGCTTGTAGCGCCCCGGGTAATCAAAGCGCTCGTAGTCCAGTGACTGGTGCGTGACGCCACTGGTCTGGGCCTTGTGCTCCTGCCGGTAGGCCGGGTTGGTGAAGGTGTAGTCGCGCTGCACTTGCCGCGCAGTACGTACCTGCTCGCAATAGCGCAAGCGCCGCAGGCATGCGCGGGCCTGGTCGCCACCACTGCTGGCGTGGTACAGCACCTTGTCGGGGCCGACATCATCCTCATCCAGCCAAAGCGCCTCGTCGTC > NC_002947/4562976‑4563266 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |