| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,658,399 | A→T | 5.2% | E345D (GAA→GAT) ‡ | nuoC → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,658,399 | 0 | A | T | 5.2% | 235.7 / 2.6 | 77 | E345D (GAA→GAT) ‡ | nuoC | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/36); new base T (2/2); total (39/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
GTCGACGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCTGCAA > NC_002947/4658253‑4658546 | gTCGACGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGc > 7:46688/1‑149 (MQ=255) cGACGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGa > 2:401859/1‑149 (MQ=255) aCGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATc < 2:301659/149‑1 (MQ=255) gTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCAc < 4:230531/149‑1 (MQ=255) tGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGCTTCGATCAcg < 4:125118/149‑2 (MQ=255) aTTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGCTTCGATCAcggt < 2:171655/149‑4 (MQ=255) gCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTc < 1:307141/149‑1 (MQ=255) atGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCt < 8:46688/149‑1 (MQ=255) ccGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCg < 1:327485/149‑1 (MQ=255) cGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCgg > 1:26247/1‑149 (MQ=255) gAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGc < 2:387035/149‑1 (MQ=255) tcttcCGCCTCACCCGCCCCCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGc < 8:355275/145‑1 (MQ=255) tcttcCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGc > 7:355275/1‑145 (MQ=255) ccGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTAcc > 8:378373/1‑149 (MQ=255) cGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCg < 1:401859/149‑1 (MQ=255) gCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCTGCCTGGTACCg > 7:87036/1‑148 (MQ=255) cATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCa > 1:140454/1‑149 (MQ=255) aTCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGTCCCCGTTGTTCTTCACCTTCACGGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGTTCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCAt < 2:64065/149‑1 (MQ=255) aCCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCg < 7:215254/148‑1 (MQ=255) cAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTg < 2:26247/149‑1 (MQ=255) cAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTg < 7:378373/149‑1 (MQ=255) aGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTa > 2:77290/1‑137 (MQ=255) aGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCATGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTa < 1:77290/137‑1 (MQ=255) ccACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCg > 3:282830/1‑149 (MQ=255) aCCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTc < 3:294808/149‑1 (MQ=255) gctgTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGcc > 3:230709/1‑148 (MQ=255) ctgTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCTTCGccaa > 5:166606/1‑147 (MQ=255) ctgTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCa < 4:282830/149‑1 (MQ=255) ctgTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCa < 5:201913/149‑1 (MQ=255) tCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGa < 4:230709/148‑1 (MQ=255) aCCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGGACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACg > 8:374423/1‑149 (MQ=255) cTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTg > 4:308542/1‑149 (MQ=255) cTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTg > 5:334445/1‑149 (MQ=255) aCATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGCTCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGc > 7:105178/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTg > 4:63569/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTg < 2:82474/149‑1 (MQ=255) tCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTgg > 5:411737/1‑149 (MQ=255) aGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGa > 8:58499/1‑148 (MQ=255) 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gtTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAAt > 5:287794/1‑149 (MQ=255) ttcttcACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAAt < 5:207974/148‑1 (MQ=255) ttcttcACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAAt < 6:166429/148‑1 (MQ=255) ttcaccttcaccGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCt > 5:178836/1‑149 (MQ=255) tcaccttcaccGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTg > 6:276634/1‑149 (MQ=255) 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acacCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAg > 6:352926/1‑149 (MQ=255) cacCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAg < 4:384007/148‑1 (MQ=255) cacCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGCCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAg < 5:352926/148‑1 (MQ=255) cggTGATCGCTTCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCCAGCGCCTCGACGAATACACCAAGgcc > 7:302778/3‑149 (MQ=255) cggTGATCGCTTCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGCTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGgcc > 2:170786/3‑149 (MQ=255) cGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCa < 2:300719/76‑1 (MQ=255) cGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCa > 1:300719/1‑76 (MQ=255) gTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGgccgc > 3:26135/1‑149 (MQ=255) aaGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCTGCa > 4:133222/1‑148 (MQ=255) aGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCTGCaa > 3:346070/1‑148 (MQ=255) | GTCGACGTGATTCGCATCATGCTGGCCGAGTTCTTCCGCATCACCAGCCACCTGCTGTTCCTGGGTACCTACATCCAGGACGTCGGCGCCATGACCCCGGTGTTCTTCACCTTCACCGACCGCCAGCGCGCCTACACCGTGATCGAAGCGATCACCGGCTTCCGCCTGCACCCGGCCTGGTACCGCATCGGTGGCGTCGCCCACGACCTGCCACGTGGCTGGGACAAGCTGGTCAAGGACTTCGTCGAATGGCTGCCCAAGCGCCTCGACGAATACACCAAGGCCGCCCTGCAA > NC_002947/4658253‑4658546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |