Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,733,482 | C→A | 88.9% | R718L (CGC→CTC) | sucA ← | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,733,482 | 0 | C | A | 88.9% | 150.9 / 8.7 | 54 | R718L (CGC→CTC) | sucA | 2‑oxoglutarate dehydrogenase subunit E1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/3); new base A (25/23); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 |
GTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTC > NC_002947/4733337‑4733627 | gtAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCTGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAggaggc < 4:380593/149‑1 (MQ=255) tgCCGGCGTCGTCGGTCCGCAGCCCGGGAGGTTTGGCTAGGCGCACCGCTGCAGGTAAAGCGCCAGACGCGCGGAGGAGTTCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCAGGGTCAGACCGCCCAGGAGGCCACACtt < 8:78461/147‑1 (MQ=255) tgCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACtt < 2:199038/147‑1 (MQ=255) tgCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACtt < 3:270979/147‑1 (MQ=255) ccGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTtgtg < 5:418619/148‑1 (MQ=255) cGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCt > 6:411190/1‑149 (MQ=255) ggTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGt < 6:58752/149‑1 (MQ=255) cGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGtgatg < 5:411190/149‑1 (MQ=255) cTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTg < 1:2062/136‑1 (MQ=255) cTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTg > 2:2062/1‑136 (MQ=255) cTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGt > 1:32016/1‑149 (MQ=255) cTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCACACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGtga < 4:367385/140‑1 (MQ=255) cTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCACACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGtga > 3:367385/1‑140 (MQ=255) gttgtGTTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATca > 6:189750/1‑149 (MQ=255) tgtgCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATcacc < 8:16946/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGcc > 6:379734/1‑104 (MQ=255) tCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGcc < 5:379734/104‑1 (MQ=255) tCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACAGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTg > 5:99733/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGtt < 5:117134/147‑1 (MQ=255) cTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGtt > 6:117134/1‑147 (MQ=255) cAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATc > 4:311374/1‑127 (MQ=255) cAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATc < 3:311374/127‑1 (MQ=255) cAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCg > 4:139295/1‑148 (MQ=255) gTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTgg < 7:369874/143‑1 (MQ=255) gTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTgg > 8:369874/1‑143 (MQ=255) aCGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGc > 3:151915/1‑149 (MQ=255) gCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGcc > 2:273238/1‑148 (MQ=255) gCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACAGTTGGCGAAGTCGcc > 4:311560/1‑148 (MQ=255) aGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTg < 3:139295/149‑1 (MQ=255) gcgGAGGAGTGCTACGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTATTGCTCACCACTGGTGATGCACTGGTCGATCACAACTAGCGCACCGTTGGCGAATTCGCCGAACTGGGCtac > 8:294319/1‑147 (MQ=255) gaggagTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCa < 2:255544/149‑1 (MQ=255) gaggagATCTCCGGCCCCTGCCATACATAGCCGTGTGGCAGAAGCATGGTCAGACCGCACAGGATGCCCCACTTGTGCAAACAACTGGTGAAGAACTGGTCGATCACCACTAGAGCAACGTAGGAGAAGTCCACTAAATGGGCTTCCCa > 8:385897/1‑149 (MQ=255) aggagTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTcc > 4:276213/1‑146 (MQ=255) ggagTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGa < 5:189750/149‑1 (MQ=255) gTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCa > 4:295552/1‑149 (MQ=255) tCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAg > 4:295025/1‑149 (MQ=255) cTGCCCTTCATAGACGAGTGGCAGCAGAATGGTCAGACCGCACACGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACAGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCCTAGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCCCGTTCg > 6:137256/1‑149 (MQ=255) cccTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCgg < 4:151915/147‑1 (MQ=255) cccTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCgg < 2:32016/147‑1 (MQ=255) ccTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAt > 7:99106/1‑149 (MQ=255) ccTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAt > 3:329922/1‑149 (MQ=255) cTTCATAGCAGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCAtg < 2:222830/149‑1 (MQ=255) ttCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTgg < 2:138690/118‑1 (MQ=255) ttCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTgg > 1:138690/1‑118 (MQ=255) gcatcagcaTGTGCTGACCGCACAGGCTGCCCCACTTCTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGcc < 7:376992/148‑1 (MQ=255) gcagcaTGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATTAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGTATGGTGGTGGAGTAGCCGTAt < 3:311560/149‑1 (MQ=255) gcagcaTGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTAt < 1:273238/149‑1 (MQ=255) caTGGTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCg > 7:64402/1‑148 (MQ=255) tGGTCAGTCCGCACAGGATGCCCCACTTGTTCTCACCACTGGTGATGAACTGGTAGATGACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCTGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAg < 7:385897/149‑1 (MQ=255) gTCAGACCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAgg < 4:329922/148‑1 (MQ=255) aCCGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTa > 6:36339/1‑149 (MQ=255) cGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGcc < 2:386062/79‑1 (MQ=255) cGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGcc > 1:386062/1‑79 (MQ=255) cGCACAGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTAcc > 4:99047/1‑149 (MQ=255) cacaGGAGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGc > 5:88122/1‑149 (MQ=255) aggaggCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCtt > 4:69819/1‑148 (MQ=255) aggaggCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTc < 3:69819/149‑1 (MQ=255) | GTAAATCTGTGCCGGCGTCGTCGGTACGCAGACCTGGATGTTGTGCTCGGCGCACAGCTGCAGGTAACGCTCCAGACGCGCGGAGGAGTGCTCCGGCCCCTGCCCTTCATAGCCGTGTGGCAGCAGCATGGTCAGACCGCACAGGCGGCCCCACTTGTGCTCACCACTGGTGATGAACTGGTCGATCACCACTTGCGCACCGTTGGCGAAGTCGCCGAACTGGGCTTCCCAGATCACCAGCGCGTTCGGCATGGTGGTGGAGTAGCCGTATTCGAAGGCCAGTACCGCTTC > NC_002947/4733337‑4733627 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |