Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,782,869 | T→C | 6.6% | E1482G (GAG→GGG) | pvdJ ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,782,869 | 0 | T | C | 6.6% | 172.6 / 2.5 | 60 | E1482G (GAG→GGG) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/29); new base C (2/2); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
AGTCGCTTGGCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAG > NC_002947/4782726‑4783012 | aGTCGCTTGGCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACcg < 3:398378/149‑1 (MQ=255) tCGCTTGGCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACcgtc > 7:125202/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACcgtcg > 2:11859/1‑148 (MQ=255) gCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTacac < 8:354845/148‑1 (MQ=255) gCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACt > 5:102364/1‑149 (MQ=255) tAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTgg < 8:387093/149‑1 (MQ=255) tGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGACTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCa > 1:95028/1‑149 (MQ=255) ccTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCAtt < 8:125202/149‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCAt < 6:262124/148‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGCCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCAt < 1:229725/148‑1 (MQ=255) cTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCAtt > 4:103595/1‑148 (MQ=255) gcgcCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGAc < 1:91788/148‑1 (MQ=255) gcCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGc > 5:233308/1‑148 (MQ=255) gcCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGc < 6:233308/148‑1 (MQ=255) cTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTc > 5:173408/1‑148 (MQ=255) cTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGATCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTc > 6:142592/1‑148 (MQ=255) cAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAAc > 5:297810/1‑149 (MQ=255) aGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAAc < 6:297810/148‑1 (MQ=255) ttCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGt < 6:173408/149‑1 (MQ=255) aCGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTAcc > 5:203188/1‑149 (MQ=255) cGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTAccc < 3:300350/149‑1 (MQ=255) gCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTAccc > 2:45851/1‑148 (MQ=255) gCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGt < 8:382970/149‑1 (MQ=255) aggggccTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAAt < 8:263590/144‑1 (MQ=255) cTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGt < 3:103595/149‑1 (MQ=255) cTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGt > 6:194204/1‑149 (MQ=255) tCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTc > 4:57517/1‑149 (MQ=255) gcAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTgg < 4:347804/149‑1 (MQ=255) gcAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTgg < 4:341967/149‑1 (MQ=255) cGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACtctc < 8:155678/149‑1 (MQ=255) cGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACtctc < 1:11859/149‑1 (MQ=255) gCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGc > 5:396283/1‑149 (MQ=255) gCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGc > 3:344854/1‑149 (MQ=255) gCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCAc < 4:344854/148‑1 (MQ=255) gCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCAc > 6:407617/1‑148 (MQ=255) cTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGt > 4:27771/1‑103 (MQ=255) cTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGt < 3:27771/103‑1 (MQ=255) cTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACg > 7:233019/1‑148 (MQ=255) tCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCCCgca > 7:152090/1‑147 (MQ=255) aTGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAg < 6:396283/149‑1 (MQ=255) aTGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAg < 3:57517/149‑1 (MQ=255) gCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCCCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTAcggccg < 3:301206/117‑1 (MQ=255) gCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCCCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTAcggccg > 4:301206/1‑117 (MQ=255) gCCTCGTGGAACATGTCGCGACTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCCCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTAcggccg > 6:328311/1‑117 (MQ=255) gCCTCGTGGAACATGTCGCGACTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCCCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTAcggccg < 5:328311/117‑1 (MQ=255) ccTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCg > 2:4902/1‑149 (MQ=255) tCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGcc > 5:41901/1‑149 (MQ=255) gTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCt > 7:65909/1‑149 (MQ=255) tGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCt > 2:166765/1‑148 (MQ=255) tCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTg > 8:148866/1‑147 (MQ=255) cTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGc > 5:259146/1‑148 (MQ=255) gtccagtccaGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGaa < 8:65909/149‑1 (MQ=255) cagtccagGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACt < 5:142592/148‑1 (MQ=255) tccagGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGcc > 7:301896/1‑149 (MQ=255) cagGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGa < 1:149422/149‑1 (MQ=255) agGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAg > 7:146649/1‑149 (MQ=255) agGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAg < 6:102364/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAgg < 8:233019/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAgg < 2:95028/149‑1 (MQ=255) gcAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAg < 8:97990/149‑1 (MQ=255) | AGTCGCTTGGCGTAATGCCTTGCGCCTCAGGTTCCACGCAGTGCTCGATGACCTCGCGCAACGCCTGCTGATACCGGCTGGCGAGTTGCTCGATGGTCGCCTCGTGGAACATGTCGCGGCTGTAGGTCCAGTCCAGGCGCAGCTCACCGTCGTACACTTGGCCATTGACGCTCAACCAGTTACCCAACGGTGAATCCTCGTCCTGGCTACGGCCGGCACTCTCGTTGGCGGGCACGAACAGCGCACCGCCCTGCTCGCTGAAGCTGCCATCGAACTGGCCGAGGTAG > NC_002947/4782726‑4783012 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |