Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 344,032 | A→G | 7.2% | intergenic (+121/+68) | PP_5440 → / ← PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 344,032 | 0 | A | G | 7.2% | 239.2 / 6.3 | 86 | intergenic (+121/+68) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/35); new base G (3/3); total (46/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 |
ATCTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGAC > NC_002947/343886‑344178 | atcTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACaaaaa < 6:319875/149‑1 (MQ=255) ttCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAAcc > 3:93034/1‑149 (MQ=255) cGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAAc < 3:217159/146‑1 (MQ=255) gTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCg > 1:155085/1‑148 (MQ=255) ttCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCTTTTTCTTCGACGCCGCCTGAATTTAAAAATAACATACAACAAAAAAACCGCa > 8:196047/1‑149 (MQ=255) ccATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCAc > 5:27945/1‑148 (MQ=255) ggACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCggg > 1:81217/1‑149 (MQ=255) ggACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCgg < 6:325807/148‑1 (MQ=255) gACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGt > 4:223966/1‑149 (MQ=255) gAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTc > 8:125017/1‑149 (MQ=255) gAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTc > 4:95403/1‑149 (MQ=255) gAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCAGACTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTc > 6:250967/1‑149 (MQ=255) aGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTT‑CGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 2:265635/149‑1 (MQ=255) gTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCtt < 7:259873/149‑1 (MQ=255) 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tCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTg > 4:181397/1‑148 (MQ=255) aTGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCaa > 3:8536/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCaa > 3:367070/1‑149 (MQ=255) ggCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAac > 7:291636/1‑148 (MQ=255) tttCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GAGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGc > 3:267651/1‑149 (MQ=255) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGTTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTg > 3:3777/1‑148 (MQ=255) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTg > 2:209745/1‑148 (MQ=255) tcGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTg > 4:302502/1‑148 (MQ=255) gATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGaa < 3:179704/148‑1 (MQ=255) gATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGCTTTCTTGTTGTCGCTTCGTGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAg > 3:205815/1‑149 (MQ=255) aTTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTttg < 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cTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGAc < 2:155085/149‑1 (MQ=255) cTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGAc > 7:55919/1‑149 (MQ=255) ttCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAggtg < 6:363509/136‑1 (MQ=255) ttCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAggtg > 5:363509/1‑136 (MQ=255) ttCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACg > 5:413298/1‑149 (MQ=255) 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aaaTCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGa < 6:407787/149‑1 (MQ=255) caGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATc < 6:181656/149‑1 (MQ=255) acaacaAGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTgg > 2:179661/1‑149 (MQ=39) caacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTggg < 8:252750/149‑1 (MQ=255) caacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTggg < 3:95403/149‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac > 1:206791/1‑149 (MQ=255) | ATCTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGAC > NC_002947/343886‑344178 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |