Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,096,465 | C→T | 10.1% | V101I (GTC→ATC) ‡ | argT ← | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,096,465 | 0 | C | T | 10.1% | 132.8 / 3.7 | 49 | V101I (GTC→ATC) ‡ | argT | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/26); new base T (3/2); total (21/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAGCGCGTTGCCGATATC > NC_002947/5096321‑5096612 | cTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTcgaccgac < 4:108073/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTTGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGGTCGActt > 3:260263/1‑148 (MQ=255) cTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGActtc < 8:226506/148‑1 (MQ=255) ttGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGActtatt > 7:266604/1‑149 (MQ=255) gCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTTGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGGTCGActtcaccaa < 4:260263/149‑6 (MQ=255) gCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCg < 6:106254/149‑1 (MQ=255) cGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCgg < 3:185145/149‑1 (MQ=255) cGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATc > 5:286519/1‑149 (MQ=255) ggTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCg < 4:15805/149‑1 (MQ=255) gTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTcgaccgac > 4:313797/1‑133 (MQ=255) gTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTcgaccgac < 3:313797/133‑1 (MQ=255) gTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGGTCGActtcac < 8:256411/138‑3 (MQ=255) gTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGGTCGActtcac > 7:256411/1‑136 (MQ=255) gTCGTGAATGGAGCCGAGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCgg > 8:29731/1‑149 (MQ=255) ttaaTGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGAt < 3:60672/147‑1 (MQ=255) aaTGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATc < 4:203488/148‑1 (MQ=255) aaTGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATc > 2:222106/1‑148 (MQ=255) gAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACAt < 3:354342/149‑1 (MQ=255) aGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATg < 3:387744/149‑1 (MQ=255) ccGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGga < 3:88420/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGAc > 1:375354/1‑142 (MQ=255) gcgcTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGgacg < 2:310373/149‑1 (MQ=255) gcgcTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGgac > 3:63273/1‑148 (MQ=255) gCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAg > 3:183244/1‑148 (MQ=255) aCGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGGGATCGACATGGACGACAGGAt < 6:293327/149‑1 (MQ=255) gATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCTAAGCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATgg > 1:125520/1‑149 (MQ=255) cttGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGGGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCg < 6:367436/145‑1 (MQ=255) tCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCa < 4:63273/147‑1 (MQ=255) gTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTc < 7:29731/149‑1 (MQ=255) ttCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGGGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACttt > 7:88077/1‑147 (MQ=255) cAGGATGTCGCTGACGGTTGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGTTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCg < 6:322511/149‑1 (MQ=255) aGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCgg < 3:61063/149‑1 (MQ=255) tGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGAt > 2:43047/1‑148 (MQ=255) tCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAg > 1:132752/1‑149 (MQ=255) gCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAgg < 2:258833/148‑1 (MQ=255) gCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGc > 5:359666/1‑149 (MQ=255) cGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGc < 8:88077/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTa > 4:382086/1‑149 (MQ=255) gcgc‑‑‑gcCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGATGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACt > 1:114484/1‑149 (MQ=255) cgc‑‑‑gcCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACtt < 6:359666/149‑1 (MQ=255) aGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCa < 2:34341/149‑1 (MQ=255) gTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCAt < 1:222106/149‑1 (MQ=255) cAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCTGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCAtct < 3:13320/149‑1 (MQ=255) cgcTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAg > 6:319515/1‑149 (MQ=255) gcTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAg < 7:112419/119‑1 (MQ=255) gcTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAg > 8:112419/1‑119 (MQ=255) ccgcaagAAGTCGGTCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAgcg > 6:351840/7‑149 (MQ=255) gtGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAgcgc < 7:185852/148‑1 (MQ=255) ggTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAGcgcg < 2:132752/148‑1 (MQ=255) ggTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAGCGCGt > 4:357258/1‑149 (MQ=255) aaGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTc > 7:97359/1‑126 (MQ=255) aaGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTc < 8:97359/126‑1 (MQ=255) accgacTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAGCGCGTTGCCGATATc < 5:319515/149‑1 (MQ=255) accgacTTCTTGCGGTCATCGATGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAGCGCGTTGCCGATATc < 2:114484/149‑1 (MQ=255) | CTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGC‑‑‑GCCGGAGTCAGGTAGTAGCGCTTGGTGAAGTCGACCGACTTCTTGCGGTCATCGGTGATCGACATGGACGACAGGATGGCGTCGATCTTGCGCACTTTCAGCGCCGGGATCAGGCCGTCGAACTCCTGCTCGACCCAGGTACACTTGGTTTTCATCTCTTCGCACAGCGCGTTGCCGATATC > NC_002947/5096321‑5096612 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |