| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,137,670 | C→T | 6.6% | intergenic (‑69/‑144) | PP_4522 ← / → PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,137,670 | 0 | C | T | 6.6% | 221.9 / 3.7 | 75 | intergenic (‑69/‑144) | PP_4522/PP_4523 | LysR family transcriptional regulator/agmatinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/39); new base T (2/3); total (33/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.04e-01 | |||||||||||
CGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACCGACTGATGAG > NC_002947/5137526‑5137818 | cGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTg > 6:376278/1‑148 (MQ=255)cGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGa < 2:333187/149‑1 (MQ=255) gCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTaa < 1:269582/149‑1 (MQ=255) 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atgaAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCg > 1:368665/1‑149 (MQ=255) gaAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGAttcttc > 3:21560/1‑143 (MQ=255) gaAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGAttcttc < 4:21560/143‑1 (MQ=255) gaAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGgc > 2:302353/1‑149 (MQ=255) aGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTTTGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑TATTCCTGAAGTATG‑TTTTTTTCGGTAGGGATTCTTCACCGgcgg > 3:327048/1‑148 (MQ=255) 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cATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgc > 8:173236/1‑149 (MQ=255) aTGGGGCAACGGGTCCACAAGCGAATGTGCGCGCAGA‑CTAACAGCGCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGGCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCccgcc < 4:210365/149‑1 (MQ=255) gTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCgg < 6:282419/148‑1 (MQ=255) cAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCaaa > 5:54181/1‑149 (MQ=255) aCGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAAc > 6:350442/1‑148 (MQ=255) 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aGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATg < 6:54181/149‑1 (MQ=255) gcAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGca < 1:246221/149‑1 (MQ=255) t‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCgcggcg > 2:22687/1‑142 (MQ=255) t‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCgcggcg < 1:22687/142‑1 (MQ=255) t‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGGACAgg < 6:212622/149‑1 (MQ=255) aCTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTc > 8:375978/1‑148 (MQ=255) tGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaa > 6:229758/1‑149 (MQ=255) ctctACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaa < 4:260044/147‑1 (MQ=255) ctACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGt < 1:218066/117‑1 (MQ=255) ctACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGt > 2:218066/1‑117 (MQ=255) tACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa > 7:72294/1‑148 (MQ=255) cccGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGaacaaa < 2:197742/146‑1 (MQ=255) cccGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGCTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAacac < 5:350442/149‑1 (MQ=255) cGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGgc < 2:336025/119‑1 (MQ=255) cGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGgc > 1:336025/1‑119 (MQ=255) ttAGTTCAGG‑AATTTCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATc > 1:25027/1‑149 (MQ=255) ttAGTTCAGG‑AATTTCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATc > 5:110577/1‑149 (MQ=255) ttAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGTGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCg < 7:303836/133‑1 (MQ=255) ttAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGTGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCg > 8:303836/1‑133 (MQ=255) ttAGTTCACA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCACGGAGCACGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGAGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATc > 2:4887/1‑149 (MQ=255) gTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgac < 7:90693/149‑1 (MQ=255) gTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcga < 5:229758/148‑1 (MQ=255) ttCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACACTcgacc > 6:50709/1‑149 (MQ=255) ttCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgacc > 3:58918/1‑149 (MQ=255) tCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCTCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATcgacc > 2:50134/1‑148 (MQ=255) ccTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACCGACTGATGAg > 7:74065/1‑149 (MQ=255) | CGTTGGCAAAGCCCTGGTGGCGCACCACGCTGATGAAGATGCGCAGCAGTTTCAGGTCGGGCAAGGTCGAGGCCATGGTGCAACGGTTCCACAAGGGTATGTGCGCGCAGT‑CTAACTGCTCTACCCGCCTTTAGTTCAGA‑AATTCCTGAACTAAG‑TATTTGTCGGTAGCGATTCTTCCCCGGCGCTCGCTTGAGCAGACTTGGCCGAAATGTCCCTGCCCGCCGGCAAACCACACGTGAATGGCGCGCGGCGGCACAGGTTCGAACAAACACAACAATCGACCGACTGATGAG > NC_002947/5137526‑5137818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |