| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 387,792 | C→T | 6.9% | S311F (TCC→TTC) ‡ | glyA‑I → | serine hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 387,792 | 0 | C | T | 6.9% | 255.7 / 6.1 | 86 | S311F (TCC→TTC) ‡ | glyA‑I | serine hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/35); new base T (3/3); total (48/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
CCCGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTC > NC_002947/387649‑387939 | cccGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTg < 5:485/149‑1 (MQ=255)cccGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTg < 7:358763/149‑1 (MQ=255) gCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑Ca > 6:140098/1‑149 (MQ=255) tGCACGTGATCGCTGTCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGAc < 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cGCAGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑Ct > 3:310656/1‑147 (MQ=255) gCTGCCAAGGCAGTGTTCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATAGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTTGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGt < 7:317073/148‑1 (MQ=255) cTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTc > 7:66537/1‑149 (MQ=255) cAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTgg > 6:63607/1‑149 (MQ=255) aGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTc > 6:129590/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 4:53547/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 1:183728/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 1:163042/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 2:260916/1‑149 (MQ=255) tCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGt > 5:296934/1‑149 (MQ=255) cAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGtt < 7:160946/129‑1 (MQ=255) cAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGtt > 8:160946/1‑129 (MQ=255) ggAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAgg < 1:271713/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAaccacatc > 3:354012/1‑121 (MQ=39) ggAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAaccacatc < 4:354012/124‑4 (MQ=39) aaGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGc < 6:296934/149‑1 (MQ=255) 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tCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAATCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgcc > 1:194321/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCATGGCCTGACTGGCAAAgaagca > 7:235842/1‑148 (MQ=255) ccTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgccgacgcc > 2:86799/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGTCAATGGCCCAGGTGTTCATCTACAGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCTGTCAGGGCCTGACGGGCAAAGACGCCGACGCCGccc < 4:224283/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAATCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGccc < 2:194321/149‑1 (MQ=255) gcagcaAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTgg > 2:359441/1‑149 (MQ=255) gcaAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTc < 3:226331/149‑1 (MQ=255) aGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGTCACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGt > 1:330429/1‑149 (MQ=255) gTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTgc < 1:359441/149‑1 (MQ=255) gTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTgc < 4:166592/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTgg > 7:273891/1‑135 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTgg < 8:273891/135‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATc < 6:10318/149‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCAcc > 7:297011/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGt > 3:351631/1‑149 (MQ=255) 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2:83106/149‑1 (MQ=255) cGATGTTGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCGTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTGGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAAGGCCGTGCCGAACGTCCCGGAGTCGCCGt < 2:334568/149‑1 (MQ=255) gATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCAcc < 8:274592/108‑1 (MQ=255) gATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCAcc > 7:274592/1‑108 (MQ=255) gATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCa < 7:143328/140‑1 (MQ=255) gATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCa > 8:143328/1‑140 (MQ=255) gATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGtt > 3:259855/1‑149 (MQ=255) gtgGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGAc > 6:220771/1‑132 (MQ=255) gtgGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGAc < 5:226423/132‑1 (MQ=255) gtgGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGAc < 5:220771/132‑1 (MQ=255) gtgGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGAc > 6:226423/1‑132 (MQ=255) ggTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGAcc > 5:382708/1‑131 (MQ=255) ggTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGAcc < 6:382708/131‑1 (MQ=255) ggTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCa > 7:70959/1‑149 (MQ=255) gTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCAc > 6:375231/1‑149 (MQ=255) ccGGTGG‑CACCGACAAGCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTc < 1:86799/148‑1 (MQ=255) | CCCGCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTC > NC_002947/387649‑387939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |