| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 387,798 | G→C | 7.1% | G313A (GGC→GCC) | glyA‑I → | serine hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 387,798 | 0 | G | C | 7.1% | 260.4 / 9.0 | 84 | G313A (GGC→GCC) | glyA‑I | serine hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/34); new base C (3/3); total (47/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
GCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTCGG > NC_002947/387652‑387941 | gCTGATGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑Ca > 6:140098/1‑149 (MQ=255) tGCACGTGATCGCTGTCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGAc < 7:79546/149‑1 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAac > 1:177688/1‑149 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAac < 6:233347/149‑1 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAac < 7:236163/149‑1 (MQ=255) tCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTg < 5:140098/149‑1 (MQ=255) cGCAGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑Ct < 4:310656/147‑1 (MQ=255) cGCAGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑Ct > 3:310656/1‑147 (MQ=255) gCTGCCAAGGCAGTGTTCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATAGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTTGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGt < 7:317073/148‑1 (MQ=255) cTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTc > 7:66537/1‑149 (MQ=255) cAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTgg > 6:63607/1‑149 (MQ=255) aGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTc > 6:129590/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGt > 6:320472/1‑147 (MQ=255) cTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATcc > 6:162230/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCATCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACAGTGGCTAAGATTTGGTTTCCGGTGG‑CACAGAAAACAAA‑ATGTTACTGGTCAGCCTGATACg > 5:201815/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 4:226331/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 4:53547/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 1:163042/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 1:183728/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 2:260916/1‑149 (MQ=255) tCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGt > 5:296934/1‑149 (MQ=255) cAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGtt < 7:160946/129‑1 (MQ=255) cAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGtt > 8:160946/1‑129 (MQ=255) ggAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAgg < 1:271713/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAaccacatc > 3:354012/1‑121 (MQ=39) ggAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTGTCGGTGC‑CACCGGAAaccacatc < 4:354012/124‑4 (MQ=39) aaGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGc < 6:296934/149‑1 (MQ=255) gcTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGa < 5:320472/149‑1 (MQ=255) gAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTgg < 5:63607/149‑1 (MQ=255) cTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCaa > 6:75825/1‑148 (MQ=255) tGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACACCCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCCGGGCCTGACTGGCa > 3:224283/1‑146 (MQ=255) tGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCa > 8:345761/1‑146 (MQ=255) tGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCAGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCa > 5:280763/1‑146 (MQ=255) ttCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGTAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgc > 1:24846/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgc < 2:24846/149‑1 (MQ=255) ttCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgc < 2:177688/149‑1 (MQ=255) ttCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgc > 3:166592/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAATCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgcc > 1:194321/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCATGGCCTGACTGGCAAAgaagca > 7:235842/1‑148 (MQ=255) ccTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAgacgccgacgcc > 2:86799/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGTCAATGGCCCAGGTGTTCATCTACAGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCTGTCAGGGCCTGACGGGCAAAGACGCCGACGCCGccc < 4:224283/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAATCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGccc < 2:194321/149‑1 (MQ=255) gcagcaAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTgg > 2:359441/1‑149 (MQ=255) gcaAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTc < 3:226331/149‑1 (MQ=255) aGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGGTCACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGt > 1:330429/1‑149 (MQ=255) gTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTgc < 1:359441/149‑1 (MQ=255) gTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTgc < 4:166592/149‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTgg < 8:273891/135‑1 (MQ=255) aaaaCGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTgg > 7:273891/1‑135 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |