| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 387,805 | C→A | 7.8% | D315E (GAC→GAA) ‡ | glyA‑I → | serine hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 387,805 | 0 | C | A | 7.8% | 257.9 / 8.1 | 85 | D315E (GAC→GAA) ‡ | glyA‑I | serine hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/34); new base A (4/3); total (48/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
TGCACGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCGTCAGGGCCTGACTGGCAAAGACGCCGACGCCGCCCTGGGTCGTGCGCATATCACCGTCAACAAGAACGCCGTGCCGAACGACCCGCAGTCGCCGTTCGTCACTTCGGGCCTGCGTATC > NC_002947/387657‑387952 | tGCACGTGATCGCTGTCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGAc < 7:79546/149‑1 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAac > 1:177688/1‑149 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAac < 6:233347/149‑1 (MQ=255) aCGTGATCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAac < 7:236163/149‑1 (MQ=255) tCGCTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTg < 5:140098/149‑1 (MQ=255) cGCAGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑Ct > 3:310656/1‑147 (MQ=255) cGCAGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑Ct < 4:310656/147‑1 (MQ=255) gCTGCCAAGGCAGTGTTCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATAGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTTGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGt < 7:317073/148‑1 (MQ=255) cTGCCAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTc > 7:66537/1‑149 (MQ=255) cAAGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTgg > 6:63607/1‑149 (MQ=255) aGGCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTc > 6:129590/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGTGCTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGt > 6:320472/1‑147 (MQ=255) cTTCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATcc > 6:162230/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCATCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACAGTGGCTAAGATTTGGTTTCCGGTGG‑CACAGAAAACAAA‑ATGTTACTGGTCAGCCTGATACg > 5:201815/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 1:163042/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 2:260916/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 4:53547/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGAAGCGCTGGAGCCTGGATTCAAGGCCTACCAGCAGCAAGTGATCGAAAACGCCCAGGCCATGGCCCAGGTGTTCATCGACCGTGGCTACGATGTGGTTTCCGGTGG‑CACCGACAACCAC‑CTGTTCCTGGTCAGCCTGATCCg > 1:183728/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |