Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,748,696 | G→T | 5.9% | N428K (AAC→AAA) | typA ← | ribosome associated GTPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,748,696 | 0 | G | T | 5.9% | 212.1 / 3.2 | 68 | N428K (AAC→AAA) | typA | ribosome associated GTPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/29); new base T (2/2); total (37/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.88e-01 |
CGACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAGGACGGCC > NC_002947/5748549‑5748833 | cGACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGt < 4:295709/149‑1 (MQ=255) cGACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGt < 2:319141/149‑1 (MQ=255) cGACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGt > 3:368328/1‑149 (MQ=255) cGACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGt < 3:244152/149‑1 (MQ=255) gACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGCAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGtt > 5:244114/1‑149 (MQ=255) aCTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTg < 5:312459/149‑1 (MQ=255) ttCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGt > 6:79326/1‑149 (MQ=255) gtgtCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTc < 5:407530/149‑1 (MQ=255) gtCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGc < 2:370056/149‑1 (MQ=255) gATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGGTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCGATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACg > 7:152614/1‑148 (MQ=255) aTCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGACCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACg > 8:36090/1‑147 (MQ=255) tCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAg > 7:201576/1‑149 (MQ=255) gTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTc < 4:399498/149‑1 (MQ=255) gATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATTTTGGTc > 3:139990/1‑115 (MQ=255) gATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATTTTGGTc > 3:145868/1‑115 (MQ=255) gATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATTTTGGTc < 4:145868/115‑1 (MQ=255) gATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATTTTGGTc < 4:139990/115‑1 (MQ=255) ccTGCACCGTTGGTCAGGCTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCACTTGCCATCCGGAACCATGTTTGt > 3:26984/1‑110 (MQ=255) tGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGc > 1:64325/1‑149 (MQ=255) cACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTTGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGc < 1:31661/147‑1 (MQ=255) cACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTAAGGTCGCCTTTACGCATACGCATCTCTTCCATGACCTTGcca > 5:102974/1‑148 (MQ=255) cGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTgg < 2:64325/149‑1 (MQ=255) ttGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGa > 2:408133/1‑149 (MQ=255) gtcagggtcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGAttc > 3:21860/1‑149 (MQ=255) tcagggtcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGAttct > 6:229560/1‑149 (MQ=255) agggtcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTggg < 3:81675/142‑1 (MQ=255) agggtcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTggg > 4:81675/1‑142 (MQ=255) gggtcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGAttctt > 6:159028/1‑147 (MQ=255) gtcagcAACTCGATACGGAAACCGATCACACCACTGGCTGGAATGTGGTACTCCAGACGATCCCCGCCCTTGCCATCCGGAACCATGGTGCTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCATCAgg < 8:152614/149‑1 (MQ=255) tcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAggg < 5:229560/149‑1 (MQ=255) tcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAgg > 3:44661/1‑148 (MQ=255) tcaggAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACAACGCTATGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATACGGAACCATGATGGTCAGGTCGCAGTTACGCAGACCCATCTCATCAATGACATTGCACTGGGATTCTTCAgg > 8:29353/1‑148 (MQ=255) gAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATg > 4:127164/1‑148 (MQ=255) gAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGt > 3:173148/1‑149 (MQ=255) gAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGt < 3:127164/149‑1 (MQ=255) tGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGAt > 8:111046/1‑149 (MQ=255) gTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGTAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATg < 6:244114/148‑1 (MQ=255) aCCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTtct > 6:18025/1‑149 (MQ=255) aCCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTtct < 8:587/149‑1 (MQ=255) cAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAAc < 5:159028/148‑1 (MQ=255) gACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGAt < 7:274434/130‑1 (MQ=255) gACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGAt > 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gAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTGAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACg > 3:287471/1‑149 (MQ=255) gAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCAc < 1:408937/148‑1 (MQ=255) gAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACg < 4:368328/149‑1 (MQ=255) gAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGAAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACg > 5:202597/1‑149 (MQ=255) tACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGAc > 1:260182/1‑149 (MQ=255) aGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTcgcg < 1:408133/149‑1 (MQ=255) aGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTcgcg > 5:25250/1‑149 (MQ=255) gACGAACACGGCCCTTGCCATCAGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCgg < 4:21860/149‑1 (MQ=255) aCGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGga < 6:25250/149‑1 (MQ=255) cGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGgat < 6:202597/149‑1 (MQ=255) cGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGgat < 4:44661/149‑1 (MQ=255) gAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGATGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGgat > 1:173510/1‑148 (MQ=255) acacGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGgatga > 2:42840/1‑148 (MQ=255) acGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATc > 3:393056/1‑148 (MQ=255) cccTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACtt > 7:273579/1‑148 (MQ=255) ttGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCGGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAg > 4:110211/1‑148 (MQ=255) gCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATTACCTTGCCCTGGTATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAGGa < 4:256570/148‑1 (MQ=255) gCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAgg < 7:111167/147‑1 (MQ=255) cATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGGCGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAGGACgg < 7:29353/149‑1 (MQ=255) tCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAGGACGGcc < 4:173148/149‑1 (MQ=255) | CGACTTCATGGTGTCGTAGCGATCGAAGATCGAGGTCAGGATGCCTGCACCGTTGGTCAGGGTCAGGAACTGGTTACGGAAACCGATCAGACCACGGGCTGGAATGTTGTACTCCAGACGAACACGGCCCTTGCCATCCGGAACCATGTTGGTCAGGTCGCCTTTACGCAGACCCATCTCTTCCATGACCTTGCCCTGGGATTCTTCAGGGATGTCGATGGTGACGTTCTCGAACGGCTCCTGCTTCACGCCGTCGACTTCGCGGATGATCACTTCAGGACGGCC > NC_002947/5748549‑5748833 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |