| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 487,833 | C→T | 5.6% | G157S (GGC→AGC) ‡ | pdxA ← | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 487,833 | 0 | C | T | 5.6% | 274.4 / 3.4 | 89 | G157S (GGC→AGC) ‡ | pdxA | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/39); new base T (3/2); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
CACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAGGCA > NC_002947/487687‑487980 | cacGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCcgc < 7:373230/149‑1 (MQ=255)cacGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCcgc < 6:166809/149‑1 (MQ=255)cacGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCcgc < 8:292992/149‑1 (MQ=255) acGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCcgcg < 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2:85893/1‑149 (MQ=255) gcgcATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCggg > 6:31700/1‑149 (MQ=255) gcATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAg > 5:112690/1‑121 (MQ=255) gcATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAg < 6:112690/121‑1 (MQ=255) tCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTc < 6:143542/149‑1 (MQ=255) tCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTc < 4:248642/149‑1 (MQ=255) cATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTtgtg > 2:10845/1‑129 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGc > 1:381791/1‑149 (MQ=255) cAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCt < 5:25786/148‑1 (MQ=255) cAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCt < 5:31700/148‑1 (MQ=255) gTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTc < 8:246905/149‑1 (MQ=255) tGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCg > 6:181362/1‑149 (MQ=255) 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tGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCgggg > 4:21810/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCg > 6:343018/1‑149 (MQ=255) aGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGt > 8:234338/1‑149 (MQ=255) aGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGt < 8:26121/149‑1 (MQ=255) aGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGt < 7:309338/149‑1 (MQ=255) gTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGa < 1:86213/149‑1 (MQ=255) gTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGatcat > 8:374224/1‑149 (MQ=255) tGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGatcatc > 2:398009/1‑149 (MQ=255) ggTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATcc > 5:158787/1‑149 (MQ=255) gTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATccc > 7:267729/1‑149 (MQ=255) 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gCCACCCGCGGCCTGCGCGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCg < 2:39141/130‑1 (MQ=255) gCCACCCGCGGCCTGCGCGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCg > 1:39141/1‑130 (MQ=255) aCGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCTGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGccc < 8:68568/149‑1 (MQ=255) aCGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGccc > 6:215655/1‑149 (MQ=255) aCGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCAATTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGccc > 2:184037/1‑149 (MQ=255) cgcgCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCg < 3:250367/149‑1 (MQ=255) cgcAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTc > 2:65804/1‑149 (MQ=255) attccGCGGGTGGACAGCATCATTACCACTTGTGCGGTTCGGGTCAGTTCGGCAAGTAATTCGGTATGCCCGGAAAAGTCGATACCGCTTTCGTTTATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAg < 8:267729/146‑1 (MQ=255) aGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGTGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAg > 6:316798/1‑149 (MQ=255) aGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAg < 3:21810/149‑1 (MQ=255) ccGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGTGGCTGTTCGGCTAGGATTTGTGTATGCCGGGTAAAGGCGATACCGGTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTTATCATCCGTGCGAAGTGCCCGTCCAGGCa < 4:121013/149‑1 (MQ=255) | CACGAGGATACGCGGGTTGGCAATGCCAAACTTGTCGCGCATGTCGGCATGCAGGATACGGGTTACACGTTCGACGCGCTCTGCAGTGATAGCGTCGGCAACATCACGCAGTGGCAGGTGCGTGGTCACCAGGGCCACGCGCAGGCCGCGGGTGGCCAGCATCATTACCACTTGTGCGGTGCGGGTCAGTTCGGCAAGGAATTCGGTATGCCCGGAAAAGGCGATACCGCTTTCGTTGATCACACCCTTGTGCACCGGGGCCGTGATCATCCCGGCGAAGTGCCCGTCCAGGCA > NC_002947/487687‑487980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |