| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,846 | T→G | 14.4% | intergenic (+51/+59) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,846 | 0 | T | G | 14.4% | 87.8 / 6.8 | 34 | intergenic (+51/+59) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/13); new base G (3/2); total (19/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCC > NC_002947/6013700‑6013991 | cgcggcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCCTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGCTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGtct > 7:263005/2‑149 (MQ=255) gcggcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGtctc < 3:267363/149‑1 (MQ=255) gcCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCTTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGaa < 8:263005/149‑1 (MQ=255) ccGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAc > 4:372880/1‑149 (MQ=255) cGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑g < 3:372880/149‑1 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc > 7:232310/1‑149 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc > 5:295848/1‑149 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGGTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTTGCGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCGCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc < 8:339059/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGACGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCtgt < 8:212360/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc < 6:60238/140‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc > 5:60238/1‑140 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCtgt < 6:361298/149‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCtgtg < 1:265535/149‑1 (MQ=25) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTgg < 3:81390/149‑1 (MQ=255) cAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTgg < 7:35930/148‑1 (MQ=255) ttACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCgg < 6:295848/149‑1 (MQ=255) ttACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCgg < 8:232310/149‑1 (MQ=255) cgTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 6:363869/149‑1 (MQ=255) gAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc < 8:153745/122‑1 (MQ=255) gAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGc > 7:153745/1‑122 (MQ=255) gAAGTCGCTGGATGGTGGTGTGGGCAGATTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGGCTCGACC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCtt < 2:320928/149‑1 (MQ=37) gtggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc < 2:192299/110‑1 (MQ=255) gtggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGc > 1:192299/1‑110 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 6:240836/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GATGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 3:156535/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc > 1:17463/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:289538/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:148393/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 1:239309/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCTGTGGCAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTAGCAGCCAGCCCCGCCAACAACAACCCCTGGTAAAGATCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc > 2:107906/1‑148 (MQ=18) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTCGTAAAGTTCTTCTTTAAGCACATGCGGCTGccc > 8:304633/1‑148 (MQ=18) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGAGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 1:115948/1‑149 (MQ=39) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCTGTGGGAGTGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 5:10368/1‑148 (MQ=21) aGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAAc > 3:168887/1‑149 (MQ=255) agcaCAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATc > 8:252001/1‑149 (MQ=255) gTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 3:269992/1‑147 (MQ=255) | GGCGGCCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCC > NC_002947/6013700‑6013991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |