| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,885 | T→C | 100% | intergenic (+90/+20) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,885 | 0 | T | C | 100.0% | 102.5 / NA | 32 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (23/9); total (23/9) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCAT > NC_002947/6013756‑6014026 | gAAGTCGCTGGATGGTGGTGTGGGCAGATTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGGCTCGACC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCtt < 2:320928/149‑1 (MQ=37) gCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 6:240836/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GATGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg > 3:156535/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc > 1:17463/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:148393/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 6:289538/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 1:239309/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCTGTGGCAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTAGCAGCCAGCCCCGCCAACAACAACCCCTGGTAAAGATCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcc > 2:107906/1‑148 (MQ=18) cacaGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTCGTAAAGTTCTTCTTTAAGCACATGCGGCTGccc > 8:304633/1‑148 (MQ=18) acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGAGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 1:115948/1‑149 (MQ=39) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGA‑CCTGTGCTGCACCTGTGGGAGTGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 5:10368/1‑148 (MQ=21) aGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAAc > 3:168887/1‑149 (MQ=255) agcaCAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATc > 8:252001/1‑149 (MQ=255) gTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 3:269992/1‑147 (MQ=255) 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cTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCg > 8:93299/1‑149 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa < 2:409424/138‑1 (MQ=255) tgtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa > 1:409424/1‑138 (MQ=255) tgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCgg < 5:240836/147‑1 (MQ=255) tgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGcc > 4:379942/1‑149 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCAAGACCCGCCAAAAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGAGGATTCCCGAACTGCATCCGCCCAAGGTGGGTTTCCTTCCCCTACGGCCCAGGTg > 8:146560/1‑148 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCAt > 3:19071/1‑149 (MQ=255) | GAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAAC‑GCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAA‑‑TGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCAT > NC_002947/6013756‑6014026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |