| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 541,437 | A→G | 6.9% | Q1272R (CAG→CGG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 541,437 | 0 | A | G | 6.9% | 251.5 / 6.2 | 88 | Q1272R (CAG→CGG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/35); new base G (4/2); total (51/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
GGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAG > NC_002947/541289‑541585 | ggCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCcagca < 5:107217/149‑1 (MQ=255) tGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGggt < 7:314281/149‑1 (MQ=255) cTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGggtgg > 3:176465/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) aacaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtggt > 8:147295/1‑147 (MQ=255) aacaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtggt > 4:205650/1‑147 (MQ=255) aacaaGTTATAGCGTCATGTGACCCTTGGTTACATGTAGAAGCTCAAGATGAACAACTTGGTGCACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCACCAGACGCAGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCa > 3:403439/1‑149 (MQ=255) acaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtg < 2:92454/144‑1 (MQ=255) acaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtg > 1:92454/1‑144 (MQ=255) 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cccAGCGGCTGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATAAACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 5:207830/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 8:19856/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 1:137912/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 4:334179/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 2:126568/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 1:111861/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCCGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 3:365325/1‑148 (MQ=255) cagcagCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTa < 7:227129/149‑1 (MQ=255) cagcagCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGAGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTa > 8:357238/1‑149 (MQ=255) agcagcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGc < 8:110969/134‑1 (MQ=255) agcagcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGc > 7:110969/1‑134 (MQ=255) agcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac < 6:216794/122‑1 (MQ=255) agcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac > 5:216794/1‑122 (MQ=255) agcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAg < 3:309613/149‑1 (MQ=255) | GGCCAGATGGTGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAG > NC_002947/541289‑541585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |