| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 541,440 | C→T | 6.4% | P1273L (CCG→CTG) | rpoB → | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 541,440 | 0 | C | T | 6.4% | 275.9 / 5.4 | 95 | P1273L (CCG→CTG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/38); new base T (4/2); total (54/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
TGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAG > NC_002947/541299‑541585 | tGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGggt < 7:314281/149‑1 (MQ=255) cTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGggtgg > 3:176465/1‑149 (MQ=255) gTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCGGCTGCTGggtaacc < 3:260980/149‑5 (MQ=255) cGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCt < 6:184768/138‑1 (MQ=255) cGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCt > 5:184768/1‑138 (MQ=255) aTGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGgcg < 1:268589/149‑1 (MQ=255) gCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCa < 4:176465/148‑1 (MQ=255) ccGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGt > 5:332606/1‑149 (MQ=255) cGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggt > 5:51220/1‑148 (MQ=255) 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aacaaGTTATAGCGTCATGTGACCCTTGGTTACATGTAGAAGCTCAAGATGAACAACTTGGTGCACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCACCAGACGCAGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCa > 3:403439/1‑149 (MQ=255) acaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtg < 2:92454/144‑1 (MQ=255) acaaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCggtg > 1:92454/1‑144 (MQ=255) caaGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGc > 2:99774/1‑149 (MQ=255) gTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAGCTGAACCACTTGCTGGACGCCAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCCGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGtt > 6:201574/1‑149 (MQ=255) 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catgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCa > 1:373228/1‑148 (MQ=255) atgCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATa > 4:2571/1‑149 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCGGCTGCTGggta > 1:356209/1‑83 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCGGCTGCTGggta < 2:356209/84‑2 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGgc > 5:16436/1‑149 (MQ=255) tCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGgc > 6:117001/1‑149 (MQ=255) 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aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTcaca < 5:152393/146‑1 (MQ=255) aCGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTcaca > 6:152393/1‑146 (MQ=255) cgTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTc < 2:131733/149‑1 (MQ=255) ttCCACTTGTTCCTACAGCCTGGTTACCAAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGGAGTTGGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGTA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATACCGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCg < 1:282645/149‑1 (MQ=255) cACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTcaca < 4:273923/136‑1 (MQ=255) cACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTcaca > 3:273923/1‑136 (MQ=255) aCTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacga > 8:249784/1‑149 (MQ=255) cTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac > 7:111513/1‑149 (MQ=255) cTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac < 2:373228/149‑1 (MQ=255) cTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac < 2:212275/149‑1 (MQ=255) 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ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 8:19856/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 1:137912/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 4:334179/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 2:126568/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 1:111861/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCCGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATg > 3:365325/1‑148 (MQ=255) cagcagCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTa < 7:227129/149‑1 (MQ=255) cagcagCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGAGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTa > 8:357238/1‑149 (MQ=255) agcagcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGc < 8:110969/134‑1 (MQ=255) agcagcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGc > 7:110969/1‑134 (MQ=255) agcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac < 6:216794/122‑1 (MQ=255) agcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGgacgac > 5:216794/1‑122 (MQ=255) agcCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAg < 3:309613/149‑1 (MQ=255) | TGCTGTTCGATGGCCGTACCGGCAACAAGTTCGAGCGTCCTGTGACCGTTGGTTACATGTACATGCTCAAGCTGAACCACTTGGTGGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACTGGTTCCTACAGCCTGGTTACCCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCGCAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGGAA‑GTGTGGGCGCTGGAAGCATA‑CGGCGCGGCATACACCCTGCAAGAAATGCTCACAGTGAAGTCGGACGACGTGAACGGCCGTACCAAGATGTACAAG > NC_002947/541299‑541585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |