| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 591,079 | G→A | 8.3% | R109H (CGC→CAC) | PP_0501 → | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 591,079 | 0 | G | A | 8.3% | 239.8 / 8.4 | 84 | R109H (CGC→CAC) | PP_0501 | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/41); new base A (3/4); total (39/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.09e-01 | |||||||||||
CAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAC > NC_002947/590935‑591227 | cAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGt < 6:199758/148‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTg > 3:73666/1‑148 (MQ=255) gggCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTAGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCa > 5:133290/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCAt > 4:111350/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCGGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATGGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATg < 1:43860/149‑1 (MQ=255) gCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATg < 8:342977/149‑1 (MQ=255) gCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATg < 3:364636/149‑1 (MQ=255) tGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGATGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGc < 8:136456/149‑1 (MQ=255) gTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGt > 5:31336/1‑149 (MQ=255) gTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGctt < 7:822/149‑3 (MQ=255) tCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTg < 6:419478/149‑1 (MQ=255) tCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGcttc < 5:419675/149‑4 (MQ=255) tCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGcttc < 2:180100/149‑4 (MQ=255) cTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTgcgc > 8:203647/1‑149 (MQ=255) 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tCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg > 4:194113/1‑149 (MQ=255) tGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTACTCTTCGCCTCcagcgcagc < 6:58093/139‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTACTCTTCGCCTCcagcgcagc > 5:58093/1‑139 (MQ=255) gcggcgGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGTGCCgg > 7:359689/1‑114 (MQ=255) gcggcgGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGTGCCgg < 8:359689/114‑1 (MQ=255) gcggcgGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACgg < 1:356449/146‑1 (MQ=255) 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gCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGACGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGAt > 1:345625/1‑149 (MQ=255) aTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAggg < 5:227423/139‑1 (MQ=255) aTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAggg > 6:227423/1‑139 (MQ=255) gTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCg > 7:25190/1‑148 (MQ=255) gAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGa > 8:384828/1‑149 (MQ=255) 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aaCGTGTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGc < 4:271549/149‑1 (MQ=255) cGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCa < 7:192672/149‑1 (MQ=255) gTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGAGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCATCGGTGTACGGCTACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCGCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAg > 1:228961/1‑149 (MQ=255) cGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGAACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAg < 1:260371/149‑1 (MQ=255) cGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAg < 5:107242/148‑1 (MQ=255) cGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGc < 7:384828/149‑1 (MQ=255) gAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCa < 8:347398/149‑1 (MQ=255) cacgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAg > 2:134317/4‑147 (MQ=255) acgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAg > 6:353745/3‑149 (MQ=255) cgCCATGCACGCGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAg > 3:342892/2‑148 (MQ=255) aGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGt < 1:109379/149‑1 (MQ=255) aGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTCCTCTTCGACTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGACGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGt < 6:133290/149‑1 (MQ=255) tGCACGCGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTg < 4:342892/149‑1 (MQ=255) gcgTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAc > 2:139537/1‑149 (MQ=255) gcgTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAc > 4:355003/1‑149 (MQ=255) | CAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTG‑ACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAC > NC_002947/590935‑591227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |