Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 92,443 | G→A | 6.4% | S384L (TCG→TTG) | trpB ← | tryptophan synthase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 92,443 | 0 | G | A | 6.4% | 177.8 / 2.8 | 62 | S384L (TCG→TTG) | trpB | tryptophan synthase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/30); new base A (2/2); total (30/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GGTCGCCAGCTGTGACGAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATGCTTCGTCATCGGTGA > NC_002947/92298‑92590 | ggTCGCCAGCTGTGACGAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGa > 5:254354/1‑147 (MQ=255) cTGTGACGAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGa > 6:112535/1‑149 (MQ=255) aCGAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACCCGACCAt > 4:298100/1‑148 (MQ=255) aCGAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCAt > 5:310990/1‑148 (MQ=255) gAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAg > 1:291675/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAg > 7:16993/1‑149 (MQ=255) aaGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAgg < 3:282935/149‑1 (MQ=255) aGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAggt < 2:291675/149‑1 (MQ=255) tGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAggtggt > 5:3213/1‑149 (MQ=255) cAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACTGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCttt < 4:206723/149‑1 (MQ=255) cGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGa < 1:13194/127‑1 (MQ=255) cGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGa > 2:13194/1‑127 (MQ=255) gCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCtt < 3:363865/149‑1 (MQ=255) ggccttcggccttcAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCg < 3:84632/149‑1 (MQ=255) gccttcggccttcAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAgg < 3:153333/129‑1 (MQ=255) gccttcggccttcAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAgg > 4:153333/1‑129 (MQ=255) ttcggccttcAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTgc > 7:329755/1‑149 (MQ=255) ttcggccttcAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTgc > 1:283550/1‑149 (MQ=255) gccttcAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCAACAGGTGGTCCTTGGGCAGATTCGGTgcgcgc > 7:61648/1‑149 (MQ=255) gaaggccgCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTgcgcgc > 6:356359/8‑149 (MQ=255) 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cAAGACTGCTCATGCCTGTTTATCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATTACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTgg < 8:16993/148‑1 (MQ=255) tGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAggg > 1:225193/1‑149 (MQ=255) cTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTg > 6:287488/1‑149 (MQ=255) gTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCt < 7:56186/96‑1 (MQ=255) gTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCt > 8:56186/1‑96 (MQ=255) gTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTgg > 5:163424/1‑148 (MQ=255) gTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTgg > 8:288924/1‑148 (MQ=255) ccTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGAAGCTTTCCAGGGCTGGAatgatg > 4:383133/1‑149 (MQ=255) tGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGaa < 4:44624/142‑1 (MQ=255) tGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGaa > 3:44624/1‑142 (MQ=255) ggcggcCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCtt < 2:283550/149‑1 (MQ=255) 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tgtgGTTCCTGTCGGTTTGCATATCTTTGGCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCGAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACgg < 3:397878/149‑1 (MQ=255) tgGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCAACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGc < 4:218102/148‑1 (MQ=255) tgGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCAACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGc < 4:223314/148‑1 (MQ=255) cATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGAAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGtt < 3:383133/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGt < 5:356359/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGt < 7:288924/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGGGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGTAGGTTGCGt < 6:310990/148‑1 (MQ=255) gCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACg > 2:308331/1‑147 (MQ=255) atatCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGc < 6:226934/146‑1 (MQ=255) atatCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGc > 5:226934/1‑146 (MQ=255) atatCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTACTTGGGCAGCTTCGGTCCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCATTCCAGACGGCAGGTTGCGTCGAACGCATc > 2:362726/1‑149 (MQ=255) tGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATg < 6:254354/147‑1 (MQ=255) tCGCCGCGGCCCGACAGTCACACGACCATGAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGCTCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTTGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCAAATGCTTc < 8:155003/149‑1 (MQ=255) tCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATGCTTc < 3:2671/149‑1 (MQ=255) cgccgcGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCAAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGAAGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATGCTTCg > 8:21764/1‑149 (MQ=255) ccgcGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATGCTTCGTc < 6:163424/149‑1 (MQ=255) cccGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCg < 2:400010/120‑1 (MQ=255) cccGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCg > 1:400010/1‑120 (MQ=255) ccGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAatgat > 6:362923/1‑97 (MQ=255) ccGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAatgat < 5:362923/97‑1 (MQ=255) cGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCTGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATGCTTCGTCATCGGTGa > 6:147893/1‑149 (MQ=255) | GGTCGCCAGCTGTGACGAAGGTGACCAGTGCCGAGCGGCCTTCGGCCTTCAGCTCGGCGAAGCGTTGTTCAAGACGGCTCATGCCTGTTTCTCCTGGGCGGCCATGTGGTTCATGACGGTTTGCATATCTTTGTCGCCGCGGCCCGACAGGCACACGACCATCAGGTGGTCCTTGGGCAGCTTCGGTGCGCGCTTGATCGCTTCGGCCAAGGCGTGGGAGCTTTCCAGGGCTGGAATGATGCCTTCCAGACGGCAGGTTGCGTGGAACGCATCCAATGCTTCGTCATCGGTGA > NC_002947/92298‑92590 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |