| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,226,127 | C→A | 5.1% | G122C (GGC→TGC) | gltI ← | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,226,127 | 0 | C | A | 5.1% | 252.4 / 3.0 | 79 | G122C (GGC→TGC) | gltI | glutamate/aspartate ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/39); new base A (2/2); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
GATGCGCTCGGAGGTGGTACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGT > NC_002947/1225990‑1226273 | gATGCGTTGGTATGTGGTAGCGGCGGTTGTCACCTCGTTCTTGCCGGGCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGc < 6:5470/148‑1 (MQ=255) tGCGCTCGGAGGTGGTACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTgg > 8:332299/1‑149 (MQ=255) cTCGGAGGTGGTACCGGCGGTGGTTACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCAAACCTGTTGCTGGCGCt > 5:275065/1‑149 (MQ=255) cTCGGAGGTGGTACCGGCGGTGGTTACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCAAACCTGTTGCTGGCGCt > 5:269116/1‑149 (MQ=255) ggAGGTGGTACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGTGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCg < 2:62309/148‑1 (MQ=255) aGGTGGTACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACg < 1:403478/149‑1 (MQ=255) tggtACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACgttg > 6:167275/1‑149 (MQ=255) gtACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACgttgtt < 3:325976/149‑1 (MQ=255) gtACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTAAGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCTACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACgttgtt > 3:642/1‑149 (MQ=255) tACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGttgttg < 5:53682/149‑1 (MQ=255) cggcggTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTtggtg < 3:351985/149‑1 (MQ=255) cggcggTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTtggtg < 8:360172/149‑1 (MQ=255) ggcggTGGTCACCACGTTCTTGCAGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTtggtgg < 2:329514/149‑1 (MQ=255) gcggTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTtggtggt > 4:168793/1‑149 (MQ=255) gtCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACgttgtt < 1:8474/137‑1 (MQ=255) gtCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACgttgtt > 2:8474/1‑137 (MQ=255) tCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCca < 3:12039/149‑1 (MQ=255) caccacGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCca > 8:270731/1‑148 (MQ=255) accacGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCcaca < 2:114014/149‑1 (MQ=255) accacGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTAGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCcaca > 8:331704/1‑149 (MQ=255) cacGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACt > 8:41573/1‑149 (MQ=255) acGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTc < 1:286732/149‑1 (MQ=255) ttgttGCCGGCGAGGTCCGGGAAGTCGTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAg < 8:193415/146‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCa < 5:240236/147‑1 (MQ=255) tCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCa > 6:240236/1‑147 (MQ=255) cTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACGTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAgg < 2:229413/148‑1 (MQ=255) cTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAgg < 4:130520/148‑1 (MQ=255) ttGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTc > 5:171089/1‑149 (MQ=255) gCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAg > 2:55972/1‑144 (MQ=255) gCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAg < 1:55972/144‑1 (MQ=255) ccAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTtggtg < 7:322424/122‑1 (MQ=255) ccAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTtggtg > 8:322424/1‑122 (MQ=255) ccAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCAAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTg < 6:275065/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCAAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTg < 6:269116/149‑1 (MQ=255) aGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGcc > 7:191985/1‑149 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1:186093/1‑111 (MQ=255) tttGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGa < 2:186093/111‑1 (MQ=255) tttGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCg > 4:349447/1‑149 (MQ=255) tttGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCg > 2:23217/1‑149 (MQ=255) tGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGc < 1:157057/146‑1 (MQ=255) tGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGc < 7:270731/146‑1 (MQ=255) aTGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTc > 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cg‑aGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCa < 3:187195/149‑1 (MQ=255) gCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACAAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGt > 3:68724/1‑149 (MQ=255) | GATGCGCTCGGAGGTGGTACCGGCGGTGGTCACCACGTTCTTGCCGGCCAGGTCCGGGAAGTCTTTGTATGCCGGCTGACCGTCCTTGACCTTGGTCAACAGGCGGGTACCGACTTCGAAGATGCCGACCG‑AGAAGCCAACCTGTTGCTGGCGCTCGACGTTGTTGGTGGTGGAGCCACACTCCAGGTCGACGGTGCCGTTCTGCACCAGCGGAATACGGGTTTGCGAGGTGACCAGGTTGTAACGGACCTTGATGTCCGTGCCCAGTTGCTTTTTCAGCGCGT > NC_002947/1225990‑1226273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |